Đây là lệnh autodock4 có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
autodock - gắn các phối tử hóa học vào các thụ thể protein
SYNOPSIS
autodock4 [lựa chọn]
MÔ TẢ
AutoDock hoàn thiện quá trình gắn kết tự động các hợp chất hóa học vào protein, tức là nó dự đoán
cách các phân tử nhỏ, chẳng hạn như chất nền hoặc ứng viên thuốc, liên kết với thụ thể 3D đã biết
cấu trúc.
AutoDockSuite bao gồm hai chương trình chính trong đó AutoDock thực hiện việc gắn
phối tử với một tập hợp các lưới mô tả protein mục tiêu và AutoGrid tính toán trước
các lưới này.
LỰA CHỌN
-p tên_tệp_tham_số
-l tên_tệp_log
-o Sử dụng định dạng PDBQ cũ, tính phí q trong cột 55-61
-k Giữ số dư ban đầu
-i Bỏ qua kiểm tra tiêu đề
-t Phân tích cú pháp tệp PDBQ để kiểm tra xoắn, sau đó dừng lại.
-c < command_file Chế độ lệnh, theo tệp
-c | control_program Chế độ lệnh, bởi control_program
THÍ DỤ
Trên Debian, thư mục / usr / share / doc / autodock cung cấp các ví dụ để chạy. Thay đổi thành đó
thư mục và giải nén (dưới dạng thư mục gốc) các tệp bản đồ đã được giải nén, sau đó thực thi AutoDock như được hiển thị
dưới đây:
gunzip * .map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
Việc giải thích kết quả được hỗ trợ bởi bộ công cụ AutoDockTools. Vui lòng kiểm tra
hướng dẫn được cung cấp trực tuyến.
Sử dụng autodock4 trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net