Đây là lệnh bp_run_protdist.plp có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
run_neighbor - chạy chương trình 'protdist' của Phylip thông qua Bioperl
SYNOPSIS
run_protdist [-i tệp đầu vào] [-o tên tệp ngoài]
MÔ TẢ
Cung cấp tệp căn chỉnh để chạy protdist. Tệp phải được đặt tên là .aln hoặc .phy.
Điều này là bắt buộc để chúng tôi có thể xác định xem liệu chúng tôi có cần chuyển đổi căn chỉnh cụm thành
phylip. Bạn có thể mở rộng tập lệnh để hoạt động trên các định dạng MSA khác mà bioperl
hỗ trợ. Điều này dự định sẽ được sử dụng trong các đường ống thủ công rất đơn giản.
Tệp đầu vào phải được đặt tên ở dạng file.phy hoặc file.aln mà chương trình mong đợi
tập tin có dạng (\S+)\.(\S+).
Điều này sẽ chạy ứng dụng 'protdist' bằng công thức 'KIMURA' để tạo ra protein aa
ma trận khoảng cách. Những người có phylip3.6 sẽ muốn thực hiện một số thay đổi nếu muốn sử dụng
JTT. Tôi rất sẵn lòng giúp thêm phần này vào dưới dạng đối số dòng cmd nếu được yêu cầu.
Sử dụng bp_run_protdist.plp trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net