bộ lọc delta - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

bộ lọc delta - đọc tệp căn chỉnh delta từ nucmer hoặc promer và lọc
sự liên kết

SYNOPSIS

bộ lọc delta [tùy chọn]

MÔ TẢ

-1 Căn chỉnh 1-1 cho phép sắp xếp lại (giao điểm của -r và -q sắp xếp)

-g Liên kết toàn cầu 1-1 không cho phép sắp xếp lại

-h Hiển thị thông tin trợ giúp

-i phao
Đặt danh tính căn chỉnh tối thiểu [0, 100], mặc định 0

-l int Đặt độ dài căn chỉnh tối thiểu, mặc định 0

-m Căn chỉnh nhiều-nhiều cho phép sắp xếp lại (kết hợp các -r và -q sắp xếp)

-q Ánh xạ từng vị trí của từng truy vấn tới kết quả phù hợp nhất trong tham chiếu, cho phép
chồng chéo tham chiếu

-r Ánh xạ từng vị trí của từng tham chiếu tới kết quả phù hợp nhất trong truy vấn, cho phép
truy vấn chồng chéo

-u float Đặt tính duy nhất căn chỉnh tối thiểu, tức là phần trăm của

căn chỉnh khớp với chuỗi truy vấn VÀ tham chiếu duy nhất [0, 100], mặc định 0

-o phao
Đặt sự chồng chéo căn chỉnh tối đa cho -r và -q các tùy chọn theo phần trăm của
độ dài căn chỉnh [0, 100], mặc định 100

-v In các sắp xếp bị loại bỏ thay vì các sắp xếp vượt qua bộ lọc

-b Bản đồ trùng lặp (XOR của -r và -q sắp xếp, cái này hoặc cái kia nhưng không phải cả hai)

Đọc tệp căn chỉnh delta từ nucmer hoặc promer và lọc các căn chỉnh dựa trên
trên các công tắc dòng lệnh, chỉ để lại những sự sắp xếp mong muốn được xuất ra
stdout ở cùng định dạng delta với đầu vào. Đối với nhiều công tắc, thứ tự thao tác
là như sau: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. Nếu căn chỉnh bị loại trừ bởi phần trước
hoạt động, nó sẽ bị bỏ qua bởi các hoạt động tiếp theo.

Một sự khác biệt quan trọng giữa -g tùy chọn và -1 và -m tùy chọn là vậy -g
đòi hỏi sự sắp xếp phải nhất quán lẫn nhau theo thứ tự của chúng, trong khi -1 và -m
các lựa chọn không bắt buộc phải nhất quán lẫn nhau và do đó chấp nhận sự chuyển dịch,
sự đảo ngược, v.v. Trong trường hợp chung, -m Tuy nhiên, lựa chọn là sự lựa chọn tốt nhất -1 có thể
thuận tiện cho các ứng dụng như tìm kiếm SNP yêu cầu ánh xạ 1-1. Cuối cùng, đối với
ánh xạ các nhánh truy vấn hoặc đọc trình tự vào bộ gen tham chiếu, sử dụng -q. Các
bản sao được in bằng -b tùy chọn là -r và -q sự sắp xếp không có trong
sự liên kết 1-1. Những sự sắp xếp này cũng là sự khác biệt giữa -1 và -m
sự liên kết

Sử dụng bộ lọc delta trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net