Đây là lệnh fahash có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
fahash - trình tạo băm trình tự cho e-PCR ngược
SYNOPSIS
fahash [-hV] -b hash-file [-w wdsize] [-f period] [-Fgment_min ,gment_max] [-k] [-c
cachesize] [-v 1 | 2] famap-file ...
fahash [-hV] -T tệp băm [-o outfile]
MÔ TẢ
Chương trình fahash là một phần của bộ e-PCR và được sử dụng để tạo các tệp băm và xuất
thống kê sử dụng từ cho các tìm kiếm e-PCR ngược.
LỰA CHỌN
-b tập tin băm
Xây dựng bảng băm (tệp băm) từ tệp trình tự,
-T tập tin băm
In thống kê sử dụng từ cho tệp băm
-o ô uế
Ghi đầu ra vào tệp `` outfile ''
tùy chọn xây dựng:
-w Kích thước từ
Đặt kích thước từ khi xây dựng bảng băm
-f thời gian
Đặt sự không liên tục khi xây dựng bảng băm
-k Bỏ qua các lần lặp lại khi xây dựng tệp băm
-F nhỏ nhất lớn nhất
Đặt hình mờ cho kích thước phân mảnh (tính bằng Mb) (chỉ dành cho phiên bản 1)
-c kích thước bộ nhớ cache
Đặt kích thước bộ nhớ cache (chỉ dành cho phiên bản 2)
-v ver Sử dụng phiên bản định dạng (1 | 2, 2 là mặc định)
THÍ DỤ
famap -tN -b genome.famap org / chr _ *. fa
fahash -b genome.hash -w 12 -f3 $ {PWD} /genome.famap
tái PCR -s genome.hash -n1 -g1 ACTATTGATGATGA AGGTAGATGTTTTT 120-200
Xem famap(1) tái pcr(1)
Sử dụng fahash trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net