Đây là lệnh gmod_gff3_preprocessor.plp có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
$0 - Chuẩn bị tệp GFF3 để tải hàng loạt vào cơ sở dữ liệu chado.
SYNOPSIS
% gmod_gff_preprocessor [tùy chọn] --gfffile
DÒNG LỆNH LỰA CHỌN
--gfffile Tệp chứa GFF3 (tùy chọn, có thể đọc
từ stdin)
--outfile Tên hạt nhân sẽ được sử dụng để đặt tên cho các tệp kết quả
--splitfile Chia các tập tin thành các phần dễ quản lý hơn, cung cấp
một đối số để kiểm soát việc chia tách
--onlysplit Chia nhỏ các tập tin rồi thoát (tức là không sắp xếp)
--nosplit Đừng chia nhỏ các tập tin (tức là chỉ sắp xếp)
--hasrefseq Đặt mục này nếu tệp chứa dòng trình tự tham chiếu
(Chỉ cần thiết nếu không chia nhỏ file)
--dbprofile Chỉ định tên hồ sơ gmod.conf (nếu không, hãy sử dụng mặc định)
--inheritance_tiers Bạn mong đợi tệp này có bao nhiêu cấp độ kế thừa
có (mặc định: 3)
MÔ TẢ
Splitfile -- Chỉ cần đặt cờ này thành 1 sẽ khiến tệp bị chia theo tham chiếu
sự liên tiếp. Nếu bạn cung cấp một đối số tùy chọn, nó sẽ được phân chia thêm theo
các quy tắc:
source=1 Chia tệp theo giá trị trong cột nguồn
source=a,b,c Đặt các dòng có nguồn khớp (thông qua biểu thức chính quy)
'a', 'b' hoặc 'c' trong một tệp riêng biệt
type=a,b,c Đặt các dòng có kiểu khớp với 'a', 'b' hoặc 'c' trong a
tập tin riêng biệt
Ví dụ: nếu bạn muốn tất cả kết quả phân tích của mình nằm trong một tệp riêng biệt, bạn
có thể chỉ ra '--splitfile type=match' và tất cả cDNA_match, EST_match và
các tính năng cross_genome_match sẽ đi vào các tệp riêng biệt (phân tách theo trình tự tham chiếu).
kế thừa_tiers -- Số cấp độ kế thừa mà tệp này có. Ví dụ, nếu
tập tin có gen "giáo điều trung tâm" trong đó (gen/mRNA/exon,polypeptide), thì nó có 3. Lên
đến 4 được hỗ trợ nhưng số càng cao thì nó hoạt động càng chậm. Nếu bạn không
biết đấy, 3 là một phỏng đoán hợp lý.
NHANH CHÓNG trình tự
Nếu tệp GFF3 chứa chuỗi FASTA ở cuối, chuỗi đó sẽ được đặt trong một
tệp riêng biệt có phần mở rộng '.fasta'. Tệp fasta này có thể được tải riêng sau
các tệp GFF3 được phân tách và/hoặc sắp xếp được tải bằng lệnh:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
Sử dụng gmod_gff3_preprocessor.plp trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net