Đây là lệnh gmod_make_gff_from_dbxref.plp có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gmod_make_gff_from_dbxref.pl - một công cụ để tạo tệp gff3 với danh sách dbxrefs và
tệp fasta.
TỔNG HỢP
% gmod_make_gff_from_dbxref.pl --fasta_dir --tmp_dir
<dbxref_list
DÒNG LỆNH LỰA CHỌN
--fasta_dir Thư mục chứa các tệp fasta (bắt buộc)
--tmp_dir Thư mục tạm thời (mặc định: / Tmp)
- loại thuật ngữ SO để sử dụng cho các tính năng đã tạo (mặc định: khu vực)
--source Cột 2 của tệp GFF (mặc định:.)
MÔ TẢ
Công cụ này lấy một danh sách các số nhận dạng db được phân tách bằng tab và các quyền truy cập trên dòng lệnh
(như gmod_extract_dbxref_from_gff.pl sẽ tạo ra) cùng với một thư mục chứa
tệp fasta và tạo tệp GFF. Tập lệnh thử một số tùy chọn để xác định
gia nhập trong dòng mô tả fasta. Đây là những loại hiện tại
cố gắng:
> mi | 5419616 | mn | TC130707 |
để có được TC130707
> gi | 34072055 | gb | CG180994.1 | CG180994
để có được CG180994.1
> mi | 12821100 | mn |2_11498(1330441) |
để có được 2_11498.
> 123456
để lấy 123456 (tức là toàn bộ dòng, là phương án cuối cùng).
Nếu bạn có dòng mô tả khác với dòng này và muốn giúp sửa đổi
tập lệnh này để làm việc với dữ liệu của bạn, vui lòng gửi email danh sách gửi thư giản đồ:
gmod-schema@lists.sourceforge.net. Nếu bạn tự sửa đổi tập lệnh để làm việc với
dữ liệu, vui lòng cũng gửi danh sách gửi thư giản đồ qua thư để báo cáo các thay đổi của bạn để chúng có thể
bao gồm.
Sử dụng gmod_make_gff_from_dbxref.plp trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net