gmx-convert-tpr - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-convert-tpr - Tạo tệp đầu vào chạy đã sửa đổi

SYNOPSIS

chuyển đổi gmx-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-mở rộng ]
[-cho đến khi ] [-bước ] [-thời gian ]
[- [không] zeroq] [-[cuốn tiểu thuyết] [- [không] tiếp]
[-init_fep_state ]

MÔ TẢ

GMX chuyển đổi-tpr có thể chỉnh sửa các tệp đầu vào đang chạy theo bốn cách.

1. bằng cách sửa đổi số bước trong tệp đầu vào đang chạy với các tùy chọn -mở rộng, -cho đến khi or
-bước (nsteps = -1 nghĩa là số bước không giới hạn)

2. (OBSOLETE) bằng cách tạo tệp đầu vào chạy để chạy tiếp tục khi mô phỏng của bạn có
bị lỗi do đĩa đầy, hoặc do tạo tệp đầu vào chạy liên tục. Tùy chọn này
đã lỗi thời, vì mdrun hiện ghi và đọc các tệp điểm kiểm tra. Lưu ý rằng một khung với
tọa độ và vận tốc là cần thiết. Khi áp suất và / hoặc nhiệt độ Nose-Hoover
khớp nối được sử dụng, một tệp năng lượng có thể được cung cấp để tiếp tục chính xác
chạy ban đầu.

3. bằng cách tạo tệp .tpx cho một tập hợp con của tệp tpx ban đầu của bạn, điều này rất hữu ích khi
bạn muốn xóa dung môi khỏi tệp .tpx của mình hoặc khi bạn muốn tạo
Tệp Calpha .tpx. Lưu ý rằng bạn có thể cần sử dụng -bước -1 (hoặc tương tự) để đưa điều này đến
làm việc. Chú ý: điều này .tpx hồ sơ is không đầy đủ chức năng.

4. bằng cách đặt các khoản phí của một nhóm cụ thể thành XNUMX. Điều này rất hữu ích khi làm miễn phí
ước tính năng lượng bằng phương pháp LIE (Năng lượng Tương tác Tuyến tính).

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tệp đầu vào chạy xdr di động

-f [<.trr / .cpt / ...>] (traj.trr) (Tùy chọn)
Quỹ đạo hoàn toàn chính xác: trr cpt tng

-e [<.edr>] (năng lượng.edr) (Tùy chọn)
Tệp năng lượng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
Tệp đầu vào chạy xdr di động

Các lựa chọn khác:

-mở rộng (0)
Kéo dài thời gian chạy bằng số tiền này (ps)

-cho đến khi (0)
Kéo dài thời gian chạy cho đến thời điểm kết thúc này (ps)

-bước (0)
Thay đổi số bước

-thời gian (-1)
Tiếp tục từ khung tại thời điểm này (ps) thay vì khung cuối cùng

- [không] zeroq (không)
Đặt các khoản phí của một nhóm (từ chỉ mục) thành XNUMX

-[cuốn tiểu thuyết (Đúng)
Yêu cầu vận tốc từ quỹ đạo

- [không] tiếp (Đúng)
Để tiếp tục chính xác, không nên áp dụng các ràng buộc trước bước đầu tiên

-init_fep_state (0)
trạng thái fep để khởi tạo từ

Sử dụng gmx-convert-tpr trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net