gmx-helix - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-helix - Tính toán các thuộc tính cơ bản của xoắn alpha

SYNOPSIS

chuỗi xoắn gmx [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]]
[-cz [<.gro / .g96 / ...>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[hiện nay] [-r0 ] [- [không] q] [- [không] F]
[- [không] db] [- [không] ev] [-ahxstart ] [-ahxend ]

MÔ TẢ

GMX vành tai tính toán tất cả các loại thuộc tính xoắn. Đầu tiên, peptit được kiểm tra để tìm
phần xoắn dài nhất, được xác định bởi các liên kết hydro và góc phi / psi. Bit đó là
được trang bị cho một vòng xoắn lý tưởng xung quanh z-axis và xoay quanh điểm gốc. Sau đó
các thuộc tính sau được tính:

· Bán kính xoắn (tệp bán kính.xvg). Đây chỉ đơn thuần là độ lệch RMS theo hai chiều
cho tất cả các nguyên tử Calpha. nó được tính là sqrt ((sum_i (x ^ 2 (i) + y ^ 2 (i))) / N) trong đó N là
số lượng nguyên tử xương sống. Đối với một đường xoắn lý tưởng, bán kính là 0.23 nm.

· Twist (tập tin xoắn.xvg). Góc xoắn trung bình trên mỗi phần dư được tính toán. Cho một
alpha-helix nó là 100 độ, đối với 3-10 xoắn nó sẽ nhỏ hơn và đối với 5-xoắn
nó sẽ lớn hơn.

· Tăng trên mỗi dư lượng (tệp tăng.xvg). Sự gia tăng xoắn ốc trên mỗi dư lượng được vẽ biểu đồ dưới dạng
khác biệt ở z-phối hợp giữa các nguyên tử Calpha. Đối với một đường xoắn lý tưởng, đây là bước sóng 0.15 nm.

· Tổng chiều dài xoắn (tệp len-ahx.xvg). Tổng chiều dài của chuỗi xoắn tính bằng nm. Đây là
chỉ đơn giản là mức tăng trung bình (xem ở trên) nhân với số lượng cặn xoắn (xem bên dưới).

· Lưỡng cực xoắn, chỉ xương sống (tệp nhúng-ahx.xvg).

· Độ lệch RMS so với chuỗi xoắn lý tưởng, chỉ được tính cho các nguyên tử Calpha (tệp
rms-ahx.xvg).

· Calpha trung bình - Góc nhị diện Calpha (tệp phi-ahx.xvg).

· Góc phi và psi trung bình (tệp phipsi.xvg).

· Tính elip ở bước sóng 222 nm theo Hirst và Brooks.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tệp đầu vào chạy xdr di động

-n [<.ndx>] (index.ndx)
Tệp chỉ mục

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-cz [<.gro / .g96 / ...>] (zconf.gro)
Tệp cấu trúc: Gro g96 pdb brk ent đặc biệt

Các lựa chọn khác:

-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo

-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo

-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)

-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin

-r0 (1)
Số dư đầu tiên trong dãy

- [không] q (không)
Kiểm tra ở mọi bước xem phần nào của trình tự là xoắn ốc

- [không] F (Đúng)
Chuyển đổi sự phù hợp thành một chuỗi xoắn hoàn hảo

- [không] db (không)
Thông tin In debug

- [không] ev (không)
Viết tệp 'quỹ đạo' mới cho ED

-ahxstart (0)
Dư lượng đầu tiên trong chuỗi xoắn

-ahxend (0)
Phần dư cuối cùng trong chuỗi xoắn

Sử dụng gmx-helix trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net