gmx-nmeig - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-nmeig - Đường chéo Hessian để phân tích chế độ bình thường

SYNOPSIS

gmx nmeig [-f [<.mtx>]] [-s [<.tpr>]] [-của [<.xvg>]] [-ol [<.xvg>]]
[-khúc xương [<.xvg>]] [-qc [<.xvg>]] [-v [<.trr / .cpt / ...>]]
[-xvg ] [-[không] tôi] [-Đầu tiên ] [-Cuối cùng ]
[-maxspec ] [-T ] [-[no]constr] [-chiều rộng ]

MÔ TẢ

GMX nmeig tính toán các vectơ riêng/giá trị của ma trận (Hessian), có thể là
tính toán với GMX mdrun. Các vectơ riêng được ghi vào một tệp quỹ đạo (-v). Các
cấu trúc được viết đầu tiên với t=0. Các vectơ riêng được viết dưới dạng khung với
số vectơ riêng làm dấu thời gian. Các vectơ riêng có thể được phân tích bằng GMX anaeig. An
tập hợp các cấu trúc có thể được tạo ra từ các vectơ riêng với GMX nmens. Khi khối lượng
trọng số được sử dụng, các vectơ riêng được tạo sẽ được thu nhỏ lại về dạng Descartes đơn giản
tọa độ trước khi tạo đầu ra. Trong trường hợp này, chúng sẽ không còn chính xác nữa
trực giao trong chuẩn Descartes tiêu chuẩn, nhưng trong chuẩn khối lượng thì chúng sẽ như vậy.

Chương trình này có thể được sử dụng tùy ý để tính toán các hiệu chỉnh lượng tử đối với nhiệt dung và
entanpy bằng cách cung cấp thêm một đối số tệp -qcorr. Xem hướng dẫn sử dụng GROMACS, Chương 1,
để biết chi tiết. Kết quả bao gồm việc trừ đi một mức độ tự do hài hòa ở mức đã cho
nhiệt độ. Tổng số hiệu chỉnh được in trên màn hình đầu cuối. Cách được đề xuất
của việc sửa chữa là:

GMX nmeig -s topol.tpr -f nm.mtx -Đầu tiên 7 -Cuối cùng 10000 -T 300 -qc [-const]

-constr tùy chọn nên được sử dụng khi các ràng buộc trái phiếu được sử dụng trong quá trình mô phỏng
cho tất cả các các cộng hóa trị trái phiếu. Nếu không, bạn cần phải phân tích
quant_corr.xvg tự mình nộp hồ sơ.

Để làm cho mọi thứ linh hoạt hơn, chương trình cũng có thể tính đến các trang web ảo khi
tính toán hiệu chỉnh lượng tử. Khi lựa chọn -constr và -qc, Các -bắt đầu và -kết thúc lựa chọn
cũng sẽ được thiết lập tự động. Một lần nữa, nếu bạn nghĩ mình biết rõ hơn, vui lòng kiểm tra
các eigenfreq.xvg đầu ra.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.mtx>] (hessian.mtx)
Ma trận Hessian

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tệp đầu vào chạy xdr di động

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-của [<.xvg>] (eigenfreq.xvg)
tệp xvgr / xmgr

-ol [<.xvg>] (eigenval.xvg)
tệp xvgr / xmgr

-khúc xương [<.xvg>] (phổ.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-qc [<.xvg>] (quant_corr.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-v [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
Quỹ đạo hoàn toàn chính xác: trr cpt tng

Các lựa chọn khác:

-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có

-[không] tôi (Đúng)
Chia các phần tử của Hessian cho tích của câu hỏi(khối lượng) của các nguyên tử liên quan trước
đường chéo hóa. Điều này nên được sử dụng để phân tích 'Chế độ bình thường'

-Đầu tiên (1)
Vector riêng đầu tiên được viết đi

-Cuối cùng (50)
Vector riêng cuối cùng để viết đi

-maxspec (4000)
Tần số cao nhất (1/cm) cần xem xét trong phổ

-T (298.15)
Nhiệt độ tính công suất nhiệt lượng tử và entanpy khi sử dụng chế độ bình thường
tính toán để sửa mô phỏng cổ điển

-[no]constr (không)
Nếu các ràng buộc được sử dụng trong mô phỏng nhưng không được sử dụng trong phân tích chế độ bình thường
(đây là cách thực hiện được khuyến nghị) bạn sẽ cần thiết lập cách này cho máy tính
sự hiệu chỉnh lượng tử.

-chiều rộng (1)
Chiều rộng (sigma) của các đỉnh gaussian (1/cm) khi tạo phổ

Sử dụng gmx-nmeig trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net