gmx-polystat - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-polystat - Tính toán các đặc tính tĩnh của polyme

SYNOPSIS

gmx polystat [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.xvg>]] [-p [<.xvg>]] [-i [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-bạn ]
[-[hiện nay] [-xvg ] [- [không] mw] [- [không] máy tính]

MÔ TẢ

GMX polystat vẽ các thuộc tính tĩnh của polyme như một hàm của thời gian và in ra
trung bình.

Theo mặc định, nó xác định khoảng cách từ đầu đến cuối trung bình và bán kính hồi chuyển của
polyme. Nó yêu cầu một nhóm chỉ mục và chia nó thành các phân tử. Từ đầu đến cuối
khoảng cách sau đó được xác định bằng cách sử dụng nguyên tử đầu tiên và nguyên tử cuối cùng trong nhóm chỉ số cho mỗi
các phân tử. Đối với bán kính chuyển động, tổng và ba thành phần chính của
các tensor hồi chuyển trung bình được viết. Với tùy chọn -v các eigenvectors được viết.
với tùy chọn -pc giá trị riêng trung bình của các lực căng hồi chuyển riêng lẻ là
bằng văn bản. Với tùy chọn -i các khoảng cách bên trong bình phương trung bình được viết.

với tùy chọn -p độ dài bền được xác định. Nhóm chỉ mục được chọn phải
bao gồm các nguyên tử được liên kết liên tục trong các móc chính polyme. Sự bền bỉ
độ dài sau đó được xác định từ cosin của các góc giữa các liên kết với một chỉ số
sự khác biệt là chẵn, các cặp lẻ không được sử dụng, bởi vì các xương sống polyme thẳng
thường là tất cả các trans và do đó chỉ mỗi liên kết thứ hai sắp xếp. Độ dài bền bỉ
được định nghĩa là số liên kết trong đó cos trung bình đạt giá trị 1 / e. Điểm này là
được xác định bằng phép nội suy tuyến tính của log ( ).

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tệp đầu vào chạy xdr di động

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-o [<.xvg>] (polystat.xvg)
tệp xvgr / xmgr

-v [<.xvg>] (polyvec.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-p [<.xvg>] (Kiên trì.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-i [<.xvg>] (intdist.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

Các lựa chọn khác:

-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo

-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo

-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)

-bạn (ps)
Đơn vị cho các giá trị thời gian: fs, ps, ns, us, ms, s

-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin

-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có

- [không] mw (Đúng)
Sử dụng trọng số khối lượng cho bán kính hồi chuyển

- [không] máy tính (không)
Lập đồ thị giá trị trung bình

Sử dụng gmx-polystat trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net