Đây là lệnh HPCmapper có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
HPCmapper - tạo một tập lệnh để lập bản đồ các lần đọc
SYNOPSIS
HPCmapper [-vb] [-kint(20)] [-wint(6)] [-hint(50)] [-tint] [-Mint]
[-egấp đôi (.85)][-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-mtheo dõi] + [-dalint(4)] [-độint(25)]
ref: db | dam đọc: db | dam [đầu tiên: int[-cuối cùng: int]]
MÔ TẢ
HPCmapper viết một tập lệnh shell UNIX vào đầu ra tiêu chuẩn bao gồm một chuỗi
các lệnh "ánh xạ" hiệu quả mọi lần đọc trong DB đọc chống lại một tập hợp tham chiếu của
trình tự trong DB ref, ghi lại tất cả các căn chỉnh cục bộ được tìm thấy trong chuỗi tệp
ref.reads.1.las, ref.reads.2.las, v.v., ở đâu ref.reads.k.las chứa các liên kết
giữa tất cả ref và khối thứ k của đọc. Các thông số hoàn toàn giống như
cho HPCdaligner(1) lưu rằng -k, -hvà -e mặc định được đặt thích hợp cho
ánh xạ, và -A và -I tùy chọn không có ý nghĩa như ref và đọc được mong đợi là
các tập dữ liệu riêng biệt.
Nếu các số nguyên Thành phố điện khí hóa phía tây dãy núi Rocky đầu tiên và cuối cùng bị thiếu, thì tập lệnh được tạo là cho mọi khối trong
kho dữ liệu đọc. Nếu Thành phố điện khí hóa phía tây dãy núi Rocky đầu tiên hiện tại sau đó HPCmapper tạo ra một tập lệnh so sánh
khối Thành phố điện khí hóa phía tây dãy núi Rocky đầu tiên thông qua cuối cùng (cuối cùng = Thành phố điện khí hóa phía tây dãy núi Rocky đầu tiên nếu không có) chống lại DAM ref.
Sử dụng HPCmapper trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net