Đây là ipig lệnh có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
ipig - Tích hợp PSM vào trực quan hóa trình duyệt Genome
SYNOPSIS
ipig <psm tập tin> | -g | -c | -cg [ ]
MÔ TẢ
iPiG nhắm mục tiêu tích hợp các đối sánh phổ peptit (PSM) từ phép đo khối phổ
(MS) nhận dạng peptit thành hình ảnh trực quan bộ gen được cung cấp bởi trình duyệt bộ gen như
làm trình duyệt bộ gen UCSC (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG lấy PSM từ định dạng chuẩn MS mzIdentML (* .mzid) hoặc ở định dạng văn bản và
cung cấp kết quả ở các định dạng theo dõi bộ gen (tệp BED và GFF3), có thể dễ dàng
được nhập vào trình duyệt bộ gen.
LỰA CHỌN
<psm tập tin>
cho biết tệp có phổ peptit phù hợp (mzid / txt)
-g, -gui
khởi động giao diện người dùng đồ họa của iPiG
-c, -điều khiển
bắt đầu kiểm soát gen, các tệp cần thiết phải được chỉ định trong cấu hình
hồ sơ
-cg, -điều khiểngui
bắt đầu giao diện người dùng đồ họa của kiểm soát gen
-d, -downloaders
bắt đầu tải xuống gui
một tệp cấu hình khác có thể được chỉ định (nếu không thì ipig.conf được tải bởi
mặc định)
Các yêu cầu bổ sung:
sử dụng chế độ không phải gui, một tệp cấu hình (ipig.conf theo mặc định) phải chứa một số
các thông số bổ sung, ví dụ: chỉ ra bộ gen tham chiếu, v.v.
ở chế độ gui (-g và -cg), các tham số bổ sung có thể được chỉ ra theo hai cách, trong
giao diện hoặc với một tệp cấu hình.
hãy xem readme.txt và ipig.conf để biết các ví dụ và biết thêm chi tiết về
các thông số bổ sung
Sử dụng ipig trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net