mauveAligner - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

mauveAligner - xây dựng hiệu quả nhiều liên kết bộ gen

SYNOPSIS

mauveAligner [tùy chọn] ...
tên tệp>

MÔ TẢ

Các thuật toán căn chỉnh mauveAligner và progressiveMauve đã được triển khai như
các chương trình dòng lệnh đi kèm với phần mềm Mauve có thể tải xuống. Khi chạy từ
dòng lệnh, các chương trình này cung cấp các tùy chọn chưa có trong giao diện đồ họa.

LỰA CHỌN

--output =Tên tệp xuất ra.
In ra màn hình theo mặc định

--mẹ Chỉ tìm MUM, không cố gắng xác định các khối thẳng hàng cục bộ (LCB)

- không đệ quy Không thực hiện nhận dạng mỏ neo đệ quy (ngụ ý
--không có khoảng trống-căn chỉnh)

--no-lcb-phần mở rộng Nếu xác định LCB, đừng cố gia hạn LCB

--seed-size =Kích thước đối sánh gốc ban đầu, mặc định là log_2 (độ dài trung bình của chuỗi)

--max-extension-iterations =Giới hạn phần mở rộng LCB đối với số lần thử này,
mặc định là 4

--eliminate-bao gồm Loại bỏ bao gồm được liên kết trong các trận đấu tập hợp con.

- trọng lượng =Trọng lượng LCB tối thiểu trong các cặp cơ sở trên mỗi chuỗi

--match-input =Sử dụng tệp đối sánh được chỉ định thay vì tìm kiếm các kết quả phù hợp

--lcb-match-input Cho biết rằng tệp đầu vào đối sánh chứa các kết quả phù hợp đã được
tập hợp thành các LCB

--lcb-input =Sử dụng tệp lcb được chỉ định thay vì tạo LCB (bỏ qua LCB
Thế hệ)

--scratch-path =Đối với các bộ gen lớn, hãy sử dụng một thư mục để lưu trữ dữ liệu tạm thời.
Nên được đưa ra hai hoặc nhiều lần với các con đường khác nhau.

--id-ma trận =Tạo số liệu thống kê LCB và ghi chúng vào tệp được chỉ định

--island-size =Tìm các đảo lớn hơn số đã cho

--island-output =Đảo đầu ra tệp đã cho (yêu cầu --kích thước đảo)

--backbone-size =Tìm đoạn đường trục dài hơn số bp đã cho

- max-backbone-gap =Cho phép đường trục bị gián đoạn bởi các khoảng trống lên đến chiều dài này trong
bp

- backbone-output =Đảo đầu ra tệp đã cho (yêu cầu --kích thước đảo)

--coverage-output =Xuất danh sách vùng phủ sóng cho tệp được chỉ định (- cho stdout)

--repeat Tạo một bản đồ lặp lại. Chỉ có thể chỉ định một trình tự

--output-guide-tree =Viết cây hướng dẫn vào tệp được chỉ định

--thẳng hàng Giả sử rằng các chuỗi đầu vào là thẳng hàng - chúng không có sự sắp xếp lại

bị hở liên kết điều khiển:
--không có khoảng trống-căn chỉnh Không thực hiện căn chỉnh có khoảng cách

--max-gapped-aligner-length =Số lượng cặp cơ sở tối đa để cố gắng căn chỉnh với
bộ đồ gá có rãnh

--min-recursive-gap-length =Kích thước tối thiểu của khoảng trống mà Mauve sẽ thực hiện đệ quy
Đang bật neo MUM (Mặc định là 200)

Ký hoán vị ma trận lựa chọn:
--permutation-matrix-output =Viết các LCB dưới dạng ma trận hoán vị có dấu để
tập tin đã cho

--permutation-matrix-min-weight =Một ma trận hoán vị sẽ được viết cho mọi
tập hợp các LCB có trọng số giữa giá trị này và giá trị của --cân nặng

Alignment đầu ra lựa chọn:
--alignment-output-dir =Xuất một tập hợp các tệp căn chỉnh (một tệp trên mỗi LCB) thành một
thư mục nhất định

--alignment-output-format =Chọn định dạng đầu ra cho --alignment-output-dir

--output-alignment =Viết căn chỉnh định dạng XMFA vào tệp được chỉ định

Các định dạng đầu ra căn chỉnh được hỗ trợ là: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

Sử dụng mauveAligner trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net