minclookup - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

minclookup - thực hiện chuyển đổi bảng tra cứu trên các tệp minc

SYNOPSIS

minclookup [ ] .mnc .mnc

MÔ TẢ

Minclookup sẽ thực hiện thao tác bảng tra cứu trên mỗi voxel của tệp minc. Tra cứu
bảng bao gồm một danh sách các giá trị đầu vào với các giá trị đầu ra phù hợp. Mỗi voxel của
tệp đầu vào được tìm thấy trong bảng tra cứu và giá trị đầu ra tương ứng được ghi ra.
Các giá trị đầu ra này có thể là giá trị vô hướng hoặc vectơ, ví dụ: tra cứu màu
bảng sẽ có bốn cột: một cột cho các giá trị đầu vào và một cột cho mỗi giá trị màu đỏ,
giá trị đầu ra màu xanh lá cây và màu xanh.

Bảng tra cứu có thể có một trong hai dạng: liên tục or rời rạc.

Bảng tra cứu liên tục dùng để xử lý các giá trị voxel dưới dạng giá trị liên tục (thực) và
chuyển đổi các giá trị bằng cách thực hiện phép nội suy giữa các giá trị được cho trong bảng tra cứu. MỘT
bảng tra cứu rời rạc coi các giá trị đầu vào là số nguyên và xử lý chúng một cách hoàn toàn
các mục độc lập, không thực hiện nội suy.

Việc sử dụng phổ biến nhất của bảng tra cứu liên tục là để chuyển đổi các giá trị cường độ thành
Màu sắc RGB. Để làm cho bảng tra cứu đơn giản hơn, tất cả các giá trị đầu vào đều được định cỡ lại thành
phạm vi từ 0 đến một. Theo mặc định, giá trị nhỏ nhất trong tệp ánh xạ tới 0 và giá trị lớn nhất
ánh xạ tới một. Giá trị này sau đó được tìm thấy trong bảng tra cứu, thường là giữa hai mục trong
bảng (bảng luôn được sắp xếp theo thứ tự tăng dần của các giá trị đầu vào). tuyến tính
phép nội suy sau đó được thực hiện trên mỗi cột đầu ra và giá trị kết quả (hoặc các giá trị) là
được ghi vào tập tin đầu ra. Nếu có nhiều hơn một giá trị đầu ra cho mỗi giá trị đầu vào thì
thứ nguyên vector_dimension được thêm vào tệp đầu ra có độ dài bằng số
của các cột đầu ra trong bảng tra cứu. Đối với các giá trị đầu vào nằm ngoài phạm vi từ 0 đến 1,
giá trị bảng gần nhất được sử dụng.

Các bảng tra cứu rời rạc thường được sử dụng để ánh xạ lại các giá trị nhãn. Mỗi giá trị đầu vào là
được coi là một số nguyên (nó không được định cỡ lại) và nếu nó được tìm thấy trong bảng tra cứu thì
giá trị (hoặc các giá trị) tương ứng được ghi vào tệp đầu ra. Nếu không tìm thấy,
thì giá trị null được ghi ra (theo mặc định là 0). Không có phép nội suy nào được thực hiện rời rạc
bảng tra cứu - để có được giá trị đầu ra khác null, phải có một mục nhập trong bảng.

LỰA CHỌN

Lưu ý rằng các tùy chọn có thể được chỉ định ở dạng viết tắt (miễn là chúng là duy nhất) và
có thể được cung cấp ở bất kỳ đâu trên dòng lệnh.

Tổng Quát lựa chọn

-2 Tạo tệp đầu ra định dạng MINC 2.0.

-có khăn
Ghi đè một tệp hiện có.

-noclobber
Không ghi đè lên tệp hiện có (mặc định).

-no_clobber
Từ đồng nghĩa với -noclobber.

-bèo thuyền
In thông tin tiến độ cho từng đoạn dữ liệu được sao chép (mặc định).

-Yên lặng Không in ra thông tin tiến độ.

-buffer_size kích thước
Chỉ định kích thước tối đa của bộ đệm bên trong (tính bằng kbyte). Mặc định là 10 MB.

-loại tệp
Tạo tệp đầu ra có cùng kiểu với tệp đầu vào đầu tiên (mặc định).

-byte Lưu trữ mỗi voxel dưới dạng số nguyên 8 bit.

-ngắn Lưu trữ mỗi voxel dưới dạng số nguyên 16 bit.

-NS Lưu trữ mỗi voxel dưới dạng số nguyên 32 bit.

-Dài Được thay thế bởi -NS.

-Phao nổi Lưu trữ mỗi voxel ở định dạng dấu phẩy động 32-bit.

-gấp đôi
Lưu trữ mỗi voxel ở định dạng dấu phẩy động 64-bit.

-đã ký
Tạo một tệp đầu ra với dữ liệu được lưu trữ ở dạng đã ký. Tùy chọn này là vô nghĩa
khi được sử dụng với các định dạng dữ liệu dấu phẩy động luôn được ký.

-chưa ký
Tạo một tệp đầu ra với dữ liệu được lưu trữ ở dạng không dấu. Tùy chọn này là
vô nghĩa khi được sử dụng với các định dạng dữ liệu dấu phẩy động.

-phạm vi hợp lệ phút tối đa
Chia tỷ lệ các giá trị voxel nguyên nằm giữa các giá trị phút và tối đa. Theo mặc định
các giá trị voxel nguyên sẽ được điều chỉnh tỷ lệ để sử dụng toàn bộ phạm vi của loại cơ sở. Cái này
tùy chọn này là vô nghĩa khi được sử dụng với các định dạng dữ liệu dấu phẩy động.

Tra cứu bàn lựa chọn

-xám Sử dụng bảng tra cứu màu xám để ghi ra các giá trị RGB (mặc định).

-xám Từ đồng nghĩa với -xám.

-kim loại nóng
Sử dụng bảng tra cứu kim loại nóng để viết ra các giá trị RGB.

-thuộc về phổ
Sử dụng bảng tra cứu quang phổ (cầu vồng) để ghi ra các giá trị RGB.

-trái
Đảo ngược bảng tra cứu để giá trị lớn nhất ánh xạ về 0 và giá trị nhỏ nhất
giá trị ánh xạ tới một. Chỉ áp dụng cho các bảng tra cứu liên tục.

-không đảo ngược
Không đảo ngược bảng tra cứu - bản đồ tối thiểu về 0 và bản đồ tối đa thành
một (mặc định).

-phạm vi phút tối đa
Chỉ định phạm vi giá trị sẽ ánh xạ tới phạm vi của bảng tra cứu
(mặc định là toàn bộ phạm vi của tệp đầu vào).

-tối thiểu phút
Chỉ định giá trị đầu vào ánh xạ tới giá trị tối thiểu trong bảng tra cứu.

-tối đa tối đa
Chỉ định giá trị đầu vào ánh xạ tới giá trị lớn nhất trong bảng tra cứu.

-bảng tra cứu [hồ sơ | -]
Chỉ định tên của tệp chứa bảng tra cứu. Nếu như - được đưa ra, việc tra cứu
bảng được đọc từ đầu vào tiêu chuẩn. Tệp phải có ít nhất hai cột:
cột đầu tiên cung cấp các giá trị đầu vào; các cột khác cho kết quả tương ứng
các giá trị đầu ra. Đối với bảng tra cứu liên tục, cột đầu tiên phải chứa
giá trị từ 0 đến 1. Các mục nhập rõ ràng cho cả 0 và 1 phải
thường được cho. Đối với bảng tra cứu rời rạc, cột đầu tiên phải chứa
các giá trị nguyên. Nếu có nhiều hơn một cột đầu ra thì tệp đầu ra sẽ
có kích thước vector_dimension với độ dài bằng số lượng đầu ra
cột. Các dòng của bảng sẽ được sắp xếp nếu cần thiết sao cho dòng đầu tiên
cột có thứ tự tăng dần.

-lut_string tra cứu-bảng-chuỗi
Chỉ định bảng tra cứu đầy đủ dưới dạng một chuỗi. Ký tự dấu chấm phẩy ";"
được dùng để phân cách các dòng.

-tiếp diễn
Bảng tra cứu liên tục (xem mô tả ở trên): Giá trị đầu vào được coi là
các giá trị liên tục (thực) và được định cỡ lại trong phạm vi từ 0 đến 1 trước khi được
nhìn lên; phép nội suy được thực hiện giữa các giá trị trong bảng. Đây là mặc định
hành vi.

-rời rạc
Bảng tra cứu rời rạc (xem mô tả ở trên): Giá trị đầu vào được coi là
số nguyên và không có phép nội suy nào được thực hiện giữa các giá trị đầu vào.

-null_value chuỗi giá trị null
Chỉ định một giá trị null sẽ được sử dụng với các bảng tra cứu rời rạc khi giá trị đó không
tìm thấy trong bảng tra cứu. Giá trị này phải được chỉ định dưới dạng danh sách được phân tách bằng dấu phẩy
của các giá trị, có cùng số lượng giá trị như các cột đầu ra trong bảng tra cứu.

Chung lựa chọn cho tất cả các lệnh:

-Cứu giúp In tóm tắt các tùy chọn dòng lệnh và thoát.

-phiên bản
In số phiên bản của chương trình và thoát.

VÍ DỤ

Để có được hình ảnh RGB kim loại nóng từ tệp MRI:

minclookup -hotmetal input.mnc out.mnc

Để chuyển đổi nhãn trong tệp nhãn minc, hãy sử dụng -discrete:

minclookup -discrete -lookup_table lookupfile
in_labels.mnc out_labels.mnc

trong đó lookupfile là một tệp chứa các mục để ánh xạ nhãn 2 đến 4 và nhãn 3 đến 5:

2 4
3 5

Bạn cũng có thể chỉ định bảng tra cứu này trên dòng lệnh:

minclookup -discrete -lut_string '2 4;3 5'
in_labels.mnc out_labels.mnc

Để có được tệp RGB màu xám, với màu đỏ cho các giá trị nhỏ hơn mức tối thiểu và màu xanh lá cây cho các giá trị
lớn hơn mức tối thiểu, bạn có thể đưa ra hai mục nhập bằng 0 và hai mục nhập một. đầu tiên
số 0 được sử dụng cho các giá trị âm, số 0 thứ hai được sử dụng để nội suy sang giá trị tiếp theo
lối vào. Không có sự mơ hồ về cách xử lý một giá trị chính xác bằng 0 vì giá trị đầu tiên
và các giá trị cuối cùng của bảng được xử lý theo cách đặc biệt để đảm bảo rằng chúng
được coi là nằm trong phạm vi nếu tình huống nhập hai lần này xảy ra.

minclookup -lookup_table - input.mnc out.mnc <
0 1 0 0
0 0 0 0
1 1 1 1
1 0 1 0
EOF

Để đảo ngược hình ảnh vô hướng, bạn có thể sử dụng minclookup:

minclookup -lut_string '0 1;1 0' in.mnc out.mnc

Sử dụng minclookup trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net