Đây là lệnh pregap4 có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
pregap4 - chuẩn bị dữ liệu thô từ các công cụ giải trình tự để sử dụng với gap4 (một phần của staden
gói)
MÔ TẢ
Trước khi truy cập vào cơ sở dữ liệu gap4, dữ liệu thô từ các công cụ giải trình tự cần phải được
thông qua một số quy trình, chẳng hạn như sàng lọc các vectơ, đánh giá chất lượng và
chuyển đổi các định dạng dữ liệu. Pregap4 được sử dụng để vượt qua một loạt các bài đọc thông qua các
các bước một cách tự động. Nó cung cấp một giao diện để thiết lập và cấu hình
xử lý và để kiểm soát việc chuyển các bài đọc qua từng giai đoạn. Các
các tác vụ riêng biệt được gọi là "mô-đun" và mỗi mô-đun thường được quản lý bởi một
chương trình. Pregap4 kết hợp tất cả các mô-đun này vào một môi trường dễ sử dụng duy nhất, trong khi
duy trì tính linh hoạt để lựa chọn và mở rộng các mô-đun xử lý. Nó là một, như
chưa được công bố thay thế chương trình Pregap Bonfield, JK và Staden, R.
Các tệp thử nghiệm và ứng dụng của chúng trong các dự án trình tự quy mô lớn. DNA
Chuỗi 6, 109-117 (1996).
Sử dụng pregap4 trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net