Đây là lệnh snp-site có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
snp-sites - tìm các site snp từ một tập tin căn chỉnh nhiều fasta
SYNOPSIS
snp_sites [-mvph] [-o output_filename] [tập tin đầu vào]
MÔ TẢ
Ứng dụng này có sự liên kết nhiều fasta, tìm tất cả các trang SNP, sau đó xuất ra
các trang web SNP ở một trong các định dạng sau:
đa căn chỉnh fasta, VCF, định dạng phylip thoải mái.
LỰA CHỌN
-m
Xuất ra một tệp căn chỉnh nhiều fasta (mặc định)
-v
Xuất ra tệp VCF
-p
Xuất ra tệp phylip
-o
Chỉ định một tên tệp đầu ra
-h
Tài liệu này
-V
Hiển thị phiên bản và thoát
VÍ DỤ
snp-site my-alignment.aln
snp-site my-gzipped-alignment.aln.gz
FORMAT OF CÁC ĐẦU VÀO FILE
Các tệp đầu vào sẽ giống như sau:
> reference_sequence
accggtt
> so sánh_sequence
AACCGGTT
> another_comparison_sequence
AACCGCTT
Để biết thêm ví dụ, hãy truy cập:
https://github.com/sanger-pathogens/snp_sites/tree/master/tests/data
Sử dụng snp-site trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net