wiggle2gff3p - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

wiggle2gff3.pl - Chuyển đổi tệp định dạng UCSC WIG thành tệp gff3

SYNOPSIS

wiggle2gff3.pl [tùy chọn] WIG_FILE> load_data.gff3

Chuyển đổi tệp định dạng UCSC WIG thành tệp gff3 phù hợp để tải vào GBrowse
cơ sở dữ liệu. Điều này được sử dụng cho dữ liệu định lượng mật độ cao như CNV, SNP và biểu thức
mảng.

MÔ TẢ

Sử dụng công cụ chuyển đổi này khi bạn có dữ liệu định lượng dày đặc để hiển thị bằng xyplot,
mật độ hoặc ký tự bản đồ nhiệt và quá nhiều mục dữ liệu (hàng nghìn) để tải vào GBrowse. Nó
tạo một hoặc nhiều tệp nhị phân hiệu quả về không gian chứa dữ liệu định lượng, như
cũng như một tệp GFF3 nhỏ có thể được tải vào Chado hoặc các cơ sở dữ liệu GBrowse khác.

Cách sử dụng điển hình như sau:

% wiggle2gff3.pl --method = microarray_oligo my_data.wig> my_data.gff3

Các lựa chọn
Các tùy chọn sau được chấp nhận:

--method = Đặt phương thức cho các dòng GFF3 đại diện
mỗi điểm dữ liệu định lượng trong bản nhạc.
Giá trị mặc định là "microarray_oligo."

--source = Đặt trường nguồn cho tệp GFF3. Mặc định là
không ai.

--gff3 Tạo tệp định dạng GFF3 (mặc định)

--featurefile Tạo một tệp định dạng "featurefile" - đây là
định dạng đơn giản được sử dụng cho tải lên GBrowse. Cái này
tùy chọn không tương thích với tùy chọn --gff3.

--sample Nếu đúng, thì các tệp rất lớn (> 5 MB) sẽ được lấy mẫu
để có được tối thiểu, tối đa và độ lệch chuẩn; nếu không thì
toàn bộ tệp sẽ được quét để có được những thống kê này.
Điều này sẽ xử lý các tệp nhanh hơn nhưng có thể bị lỗi
các giá trị.

--path = Chỉ định thư mục để đặt lung lay nhị phân
các tập tin. Mặc định là thư mục tạm thời hiện tại
(/ Tmp hoặc bất cứ điều gì phù hợp với hệ điều hành của bạn).

--base = Tương tự như "--path".

--trackname chỉ định cơ sở trackname để tạo wigfile

--help Tài liệu này.

Tập lệnh này sẽ chấp nhận nhiều kiểu tùy chọn khác nhau, bao gồm cả các tùy chọn viết tắt
("--meth = foo"), các tùy chọn ký tự đơn ("-m foo") và các biến thể phổ biến khác.

Nhị phân ngọ nguậy các tập tin
Các tệp "lung lay" nhị phân được tạo bởi tiện ích này có thể đọc được bằng cách sử dụng
Mô-đun Bio :: Graphics :: Wiggle. Dữ liệu định lượng được chia tỷ lệ trong phạm vi 1-255
(mất nhiều độ chính xác, nhưng vẫn quá đủ để trực quan hóa dữ liệu) và được lưu trữ
ở định dạng đóng gói, trong đó mỗi tệp tương ứng với chiều dài của một nhiễm sắc thể đơn hoặc
đường viền.

Sau khi được tạo, các tệp nhị phân không được di chuyển hoặc đổi tên, trừ khi bạn cẩn thận
thực hiện các thay đổi tương ứng đối với tên đường dẫn được cung cấp bởi thuộc tính "wigfile" trong GFF3
các dòng tính năng của tệp. Bạn cũng nên cẩn thận về việc sử dụng lệnh cp để sao chép
tệp nhị phân; chúng được định dạng với "lỗ hổng" theo cách mà dữ liệu bị thiếu không
chiếm bất kỳ không gian nào trên đĩa. Nếu bạn ghép chúng, các lỗ sẽ lấp đầy bằng các số XNUMX và
tiết kiệm không gian sẽ bị mất. Tốt hơn nên sử dụng lệnh "tar" với tùy chọn --sparse của nó để
di chuyển các tệp từ nơi này sang nơi khác.

Ví dụ TÓC GIẢ Tập tin
Ví dụ này là từhttp://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:

# tên tệp: example.wig
#
Biểu đồ thanh rộng cơ sở # 300, autoScale được bật theo mặc định == vẽ đồ thị
# giới hạn sẽ tự động thay đổi để luôn hiển thị đầy đủ các loại dữ liệu
# trong cửa sổ xem, ưu tiên = 20 vị trí này là biểu đồ thứ hai
# Lưu ý, hệ tọa độ không tương đối, nửa mở được sử dụng cho định dạng giường
track type = wiggle_0 name = "Định dạng Giường" description = "Định dạng GIƯỜNG"
khả năng hiển thị = màu đầy đủ = 200,100,0 altColor = 0,100,200 mức độ ưu tiên = 20
chr19 59302000 59302300 -1.0
chr19 59302300 59302600 -0.75
chr19 59302600 59302900 -0.50
chr19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
Biểu đồ thanh rộng cơ sở # 150 ở các vị trí có khoảng cách tùy ý,
# đường ngưỡng được vẽ tại y = 11.76
# autoScale off phạm vi xem được đặt thành [0:25]
# priority = 10 vị trí này là biểu đồ đầu tiên
# Lưu ý, hệ tọa độ một tương đối được sử dụng cho định dạng này
track type = wiggle_0 name = "variableStep" description = "variableStep format"
khả năng hiển thị = full autoScale = off viewLimits = 0.0: 25.0 color = 255,200,0
yLineMark = 11.76 yLineOnOff = on priority = 10
variableStep chrom = chr19 span = 150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
Biểu đồ # 200 điểm rộng cơ sở ở mỗi 300 điểm, biểu đồ cao 50 pixel
# autoScale off và phạm vi xem được đặt thành [0: 1000]
# priority = 30 vị trí này là biểu đồ thứ ba
# Lưu ý, hệ tọa độ một tương đối được sử dụng cho định dạng này
track type = wiggle_0 name = "fixedStep" description = "fixed step" display = full
autoScale = off viewLimits = 0: 1000 color = 0,200,100 maxHeightPixels = 100: 50: 20
graphType = điểm ưu tiên = 30
fixedStep chrom = chr19 start = 59307401 step = 300 span = 200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100

Bạn có thể chuyển đổi tệp này thành tệp GFF3 có thể tải được bằng lệnh sau:

wiggle2gff3.pl --meth = example --so = example --path = / var / gbrowse / db example.wig
> example.gff3

Đầu ra sẽ như thế này:

## gff-phiên bản 3

ví dụ chr19 ví dụ 59302001 59304700. . . Tên = Định dạng giường; wigfile = / var / gbrowse / db / track001.chr19.1199828298.wig
ví dụ chr19 ví dụ 59304701 59308020. . . Tên = biếnStep; wigfile = / var / gbrowse / db / track002.chr19.1199828298.wig
ví dụ chr19 ví dụ 59307401 59310400. . . Tên = fixedStep; wigfile = / var / gbrowse / db / track003.chr19.1199828298.wig

Sử dụng wiggle2gff3p trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net