This is the Linux app named clusterProfiler whose latest release can be downloaded as clusterProfilersourcecode.tar.gz. It can be run online in the free hosting provider OnWorks for workstations.
Download and run online this app named clusterProfiler with OnWorks for free.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH:
clusterProfiler
SỰ MIÊU TẢ:
clusterProfiler is an R/Bioconductor package that provides a unified workflow for functional enrichment analysis to interpret high-throughput omics results. It supports both over-representation analysis and gene set enrichment analysis, letting you work with unranked gene lists or ranked statistics from differential pipelines. The package connects to multiple knowledge bases—such as Gene Ontology, KEGG, Reactome, Disease Ontology, MeSH and others—through a consistent interface so you can query different biological lenses without rewriting code. It is designed for breadth, covering coding and non-coding features and thousands of organisms by leveraging continuously updated annotations. Results are returned in tidy, manipulation-friendly structures and pair naturally with rich visualization functions (via companion tooling) to summarize pathways, terms, and gene–set relationships.
Tính năng
- Unified ORA and GSEA workflows across multiple annotation sources
- Broad species support using up-to-date gene annotations
- Tidy outputs that integrate cleanly with downstream R data pipelines
- Built-in visualization of enrichment results through companion plotting tools
- Multi-group comparison utilities (e.g., compareCluster) for cross-condition analysis
- Detailed vignettes and manuals for reproducible, end-to-end enrichment studies
Ngôn ngữ lập trình
R
Danh Mục
This is an application that can also be fetched from https://sourceforge.net/projects/clusterprofiler.mirror/. It has been hosted in OnWorks in order to be run online in an easiest way from one of our free Operative Systems.