Đây là ứng dụng Linux có tên codonPhyML có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên codonPhyML này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH:
codonPhyML
SỰ MIÊU TẢ:
codonPhyML sử dụng mô hình codon của Markovian về sự tiến hóa trong quá trình tái tạo phát sinh loài. Với một tập hợp các loài được đặc trưng bởi trình tự DNA của chúng làm đầu vào, codonPhyML sẽ trả về cây phát sinh loài mô tả tốt nhất mối quan hệ tiến hóa của chúng. Bài báo của chúng tôi mô tả codonPhyML đã được xuất bản trên tạp chí "Sinh học phân tử và tiến hóa" (MBE). Để biết thêm chi tiết, hãy theo liên kết: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML nằm trên bìa MBE! Kiểm tra điều này (tháng 2013 năm XNUMX): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Đối với phiên bản đa mô hình của CodonPhyML, vui lòng sử dụng tarball 'codonphyml_multi.tgz'.
Tính năng
- Mô hình tiến hóa codon của Markovian: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol và cộng sự 2007, Schneider và cộng sự 2005, Yap và cộng sự 2010
- Tìm kiếm cấu trúc liên kết cây NNI và SPR heuristic
- thông số tỷ lệ thay thế được ước tính theo khả năng tối đa
- hỗ trợ đa lõi thông qua OpenMP
- khả năng có thể so sánh giữa các mô hình khác nhau (tức là AA, NT và CODON)
Khán giả
Khoa học / Nghiên cứu, Giáo dục
Giao diện người dùng
Bảng điều khiển / Thiết bị đầu cuối, Dòng lệnh
Ngôn ngữ lập trình
C
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.