Đây là ứng dụng Linux có tên ISVASE có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng ISVASE1.1.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks dành cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng này có tên ISVASE với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH:
ISVASE
SỰ MIÊU TẢ:
Để tạo ra mRNA trưởng thành chính xác, các exon phải được xác định và nối với nhau một cách chính xác và hiệu quả bằng cơ chế nối RNA. Cần lưu ý rằng khoảng một phần ba hoặc một nửa số đột biến gây bệnh ảnh hưởng đến quá trình nối RNA. Tuy nhiên, có rất ít công cụ tin sinh học để xác định trực tiếp các biến thể trình tự liên quan đến sự kiện nối (SVASE) dựa trên dữ liệu RNA-seq. Chúng tôi đã phát triển ISVASE, một công cụ đơn giản và thuận tiện để xác định SVASE trực tiếp bằng cách sử dụng dữ liệu RNA-seq. So sánh với phần mềm PVAAS hiện có, phương pháp của chúng tôi có một số ưu điểm như bộ lọc phụ thuộc vào quy tắc nghiêm ngặt và bộ lọc thống kê trong mỗi bước, biến thể trình tự phát hiện cho các sự kiện nối đã biết, biến thể trình tự nhận dạng trong hai phần nối (đường giao nhau) riêng biệt, dịch chuyển điểm nối phát hiện các sự kiện nếu cung cấp chú thích nối đã biết, đánh giá tín hiệu nối, so sánh với dữ liệu chỉnh sửa đột biến DNA và / hoặc RNA đã biết và thời gian chạy ngắn.
Tính năng
- Đây là công cụ đầu tiên để xác định biến thể trình tự liên quan đến sự kiện nối cho cả biến thể nối mới và biến thể nối đã biết.
- ISVASE xác định các biến thể trình tự cho từng biến thể nối trước, sau đó xác định các biến thể trình tự cho tất cả các biến thể ghép nối có liên quan (đầu hoặc cuối đường nối giống nhau) để phân tích so sánh và kiểm tra thống kê.
- ISVASE xác định và đánh giá các biến thể trình tự cho cả hai phần của đường giao nhau một cách riêng biệt, điều này có thể phân biệt rõ hơn ảnh hưởng của các biến thể trình tự đối với các phần khác nhau của đường giao nhau.
- ISVASE áp dụng một số bộ lọc thống kê và bộ lọc phụ thuộc vào quy tắc nghiêm ngặt theo các bước khác nhau.
- ISVASE xem xét các sự kiện dịch chuyển đường giao nhau và tín hiệu đường giao nhau (5 'và 3') để loại bỏ các biến thể nối sai.
- ISVASE có thể sử dụng dữ liệu chỉnh sửa đột biến DNA và RNA do người dùng cung cấp để chỉ định loại nguồn của các biến thể trình tự.
- ISVASE nhận được trình tự sườn của các biến thể trình tự để tìm kiếm mô típ tăng cường nối exonic.
- ISVASE có thể chuyển đổi tệp biến thể trình tự mặc định thành tệp định dạng đầu vào ANNOVAR cho chú thích biến thể.
- ISVASE sử dụng 8 hình để hiển thị các đặc điểm của các biến thể trình tự liên quan đến các sự kiện nối.
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Ngôn ngữ lập trình
Perl
Categories
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/isvase/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.