Đây là ứng dụng Linux có tên PTESFinder có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng ptesfinder_v1.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên PTESFinder này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
Công cụ tìm PTES
SỰ MIÊU TẢ:
PTESFinder là một đường ống tính toán để xác định các sự kiện Ngẫu nhiên Exon sau phiên mã từ dữ liệu RNAseq thông lượng cao. PTESFinder tận dụng sức mạnh của các công cụ RNASeq đã được thiết lập và loại trừ một cách có hệ thống tất cả các lớp cấu trúc dương tính giả đã biết bằng cách áp dụng các bộ lọc nghiêm ngặt được thiết kế để nhắm mục tiêu cụ thể những kết quả dương tính giả này. PTESFinder so sánh chất lượng căn chỉnh của ánh xạ lần đọc với cấu trúc PTES giả định với chất lượng của các lần đọc giống nhau khi được ánh xạ tới các vùng gen và các bản sao được ghép theo quy tắc. Cách tiếp cận này làm tăng sự tin tưởng vào các bài đọc hỗ trợ PTES. Các số đọc phát ra từ các sự kiện chuyển đổi khuôn mẫu thường được đặc trưng bởi các indels lớn khi được căn chỉnh với bảng phiên mã. PTESFinder sử dụng các bộ lọc bổ sung để loại trừ các lần đọc có căn chỉnh không rõ ràng xung quanh các điểm nối exon-exon của PTES, tăng thêm sự tin tưởng vào các lần đọc hỗ trợ này. PTESFinder xác định nhiều cấu trúc PTES hơn các phương pháp đã xuất bản khác trong khi vẫn duy trì độ đặc hiệu cao.
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Giao diện người dùng
Dòng lệnh
Ngôn ngữ lập trình
Vỏ Unix, Java
Categories
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.