这是 allversusalle 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
allversusall - 来自所有对所有比较的序列相似性数据。
概要
万能的 -seqin路径 目录 [-矩阵 矩阵f[-间隙打开 浮动[-间隙扩展 浮动]
-数据输出目录 外向 -日志文件 输出文件
万能的 -救命
商品描述
万能的 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“Utils:Database creation”命令组的一部分。
配置
输入 部分
-seqin路径 目录
默认值： 。/
-矩阵 矩阵f
此选项指定用于序列的残基替换矩阵
比较。 默认值：EBLOSUM62
其他要求 部分
额外 部分
-间隙打开 浮动
此选项指定间隙插入惩罚。 间隙插入惩罚是
当产生差距时，分数被取消。 最佳值取决于选择
比较矩阵。 默认值假设您将 EBLOSUM62 矩阵用于
蛋白质序列，以及核苷酸序列的 EDNAFULL 矩阵。 默认值：10
-间隙扩展 浮动
此选项指定间隙扩展惩罚。 差距扩大，加罚
到缺口中每个碱基或残基的标准缺口惩罚。 这是多长的差距
受到处罚。 通常你会期待一些长间隙而不是许多短间隙，所以
间隙扩展惩罚应低于间隙惩罚。 一个例外是
在这种情况下，一个或两个序列是单次读取，可能存在测序错误
您会期望有许多单一的碱基间隙。 您可以通过设置间隙来获得此结果
打开惩罚为零（或非常低）并使用间隙扩展惩罚来控制间隙
得分。 默认值：0.5
输出 部分
-数据输出目录 外向
此选项指定序列相似性数据文件（输出）的位置。 默认
价值： 。/
-日志文件 输出文件
此选项指定 ALLVERSUSALL 日志文件（输出）的名称。 日志文件
包含有关 ALLVERSUSALL 运行时出现的任何错误的消息。 默认值：
全部与全部.log
使用 onworks.net 服务在线使用 allversusalle
