这是命令 biomaj,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
您的姓名
biomaj - 下载和转换远程生物数据库
概要
生物制药 [-H]
商品描述
BioMAJ (BIOlogie Mise A Jour) 是一个专门的工作流引擎
到数据同步和处理。软件自动化
本地镜像的更新周期和监督
数据库存储库。 用户必须具有 root 权限才能运行 biomaj。
配置
-h 显示命令列表。
载点
在安装时,BioMAJ 需要一个数据库来运行(MySQL),安装程序应该首先创建
一个数据库 (biomaj_log) 和一个数据库用户(安装设置时使用的用户)。
biomaj 的数据库配置可以在
/etc/biomaj/db_properties/global.properties。
在安装因 SQL 错误而失败时,必须手动运行安装脚本以
创建/升级数据库:
perl的 /usr/share/biomaj/sql/migration/update.pl
该脚本将创建/升级数据库并更新配置文件。
ADMIN USER
默认管理员用户 (admin) 由脚本创建。 如果使用 biomaj-watcher,则
默认密码 (admin) 必须立即通过观察者界面更改。
如果只使用biomaj core,密码是没用的。
.PP
升级
在包升级的情况下,如果正确配置,迁移脚本将
安装时自动运行。
可以手动运行脚本:
.B 见 perl /usr/share/biomaj/sql/migration/update.pl -h
用于使用。
数据 银行
默认情况下,biomaj 被配置为(global.properties 中的 data.dir)将银行写入
/var/lib/biomaj.
示例
更新银行:
生物制药 --更新基因库
显示控制台
生物制药 --更新genbank --console
显示状态:
生物制药 - 地位
退出 状态
biomaj 成功返回零存在状态,不代表银行更新
状态。
使用 onworks.net 服务在线使用 biomaj