这是 create_matrix 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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create_matrix - 计算基因组丰度相似度矩阵
概要
创建矩阵 [选项] 名字
商品描述
计算相似度矩阵。
首先，使用读取模拟器为每个参考基因组模拟一组读取
通过指定的 core/tools.py -s. 二、绘制每个物种的模拟读数
使用指定的映射器针对所有参考基因组 -m. 三、由此产生
分析 SAM 文件以计算相似性矩阵。 存储相似度矩阵
作为一个numpy文件（-o).
配置
名字 名称文件的文件名； 纯文本名称文件每个应包含一个名称
线。 该名称在整个算法中用作标识符。
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出
-s 模拟器， --模拟器=模拟器
core/tools.py 中定义的读取模拟器标识符 [默认：无]
-r 参考， - 参考=号
读取模拟器的参考序列文件模式。 名称的占位符是
“%s”。 [默认：./ref/%s.fasta]
-m 映射器， --映射器=映射器
core/tools.py 中定义的映射器标识符 [默认：无]
-i 指数， - 指数=指数
读取映射器的参考索引文件。 名称的占位符是“%s”。
[默认：./ref/%s.fasta]
-t 温度， --温度=TEMP
用于存储临时模拟数据集和 SAM 文件的目录。 [默认：./temp]
-o 出去， - 输出=输出
输出相似度矩阵文件。 [默认：./similarity_matrix.npy]
使用 onworks.net 服务在线使用 create_matrix