这是 famap 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
您的姓名
famap - 为再 PCR 搜索准备 Fasta 序列数据库
概要
法图 [-hV] -b 映射文件 [-t cvt] [fafile ...]
法图 [-hV] -d mmapped 文件 [ord ...]
法图 [-hV] -l mmapped 文件 [ord ...]
商品描述
该程序 地图 是 e-PCR 套件的一部分,用于从 FASTA 构建 mmapped-file
用于反向 e-PCR 搜索的文件
配置
其中 cvt(转换表)是以下之一:
关闭 - 原样(默认)
n - 允许核苷酸 [acgtnACGTN],
N - 允许大写核苷酸 [ACGTN]
nx - 允许含歧义代码的核苷酸
NX - 带有歧义代码的核苷酸大写
例
famap -tN -b 基因组.famap org/chr_*.fa
fahash -b 基因组.hash -w 12 -f3 ${PWD}/genome.famap
re-PCR -s 基因组.hash -n1 -g1 ACTATTGATGATGA AGGTAGATGTTTTT 120-200
参见 地图(1)和 重新聚合(1)
使用 onworks.net 服务在线使用 famap