这是 gmx-distance 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
gmx-distance - 计算位置对之间的距离
概要
gmx 距离 [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-oav [<.xvg>][-oall [<.xvg>][氧 [<.xvg>]]
[-哦 [<.xvg>][-oallstat [<.xvg>][-b ]
[-e [-dt [tu [-xvg ]
[-[无]rmpbc[-[不] PB[-sf [-selrpos ]
[-自输入 [-选择 [-长度 ]
[-托尔 [-binw ]
商品描述
GMX 距离 计算作为时间函数的位置对之间的距离。 每个
selection 指定要计算的一组独立距离。 每个选择应
由成对的位置组成，并且在位置 1-2、3-4 之间计算距离，
等等
-oav 将每个选择的平均距离写为时间的函数。 -oall 写入
所有的个人距离。 氧 做同样的事情，但 x、y 和 z 分量
写的是距离而不是范数。 -哦 写出距离的直方图
每个选择。 直方图的位置设置为 -长度 和 -托尔. bin 宽度已设置
- -binw. -oallstat 写出每个人的平均值和标准偏差
距离，在帧上计算。
需要注意的是 GMX 距离 计算固定对（1-2、3-4 等）之间的距离
单选。 要计算两个选择之间的距离，包括最小值，
最大和成对距离，使用 GMX 成对的.
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) （可选）
输入轨迹或单一配置： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr） （可选）
输入结构： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续
-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
额外的索引组
指定输出文件的选项：
-oav [<.xvg>] (distave.xvg) （可选）
作为时间函数的平均距离
-oall [<.xvg>] （距离.xvg） （可选）
作为时间函数的所有距离
氧 [<.xvg>] (distxyz.xvg) （可选）
作为时间函数的距离分量
-哦 [<.xvg>] (distist.xvg) （可选）
距离的直方图
-oallstat [<.xvg>] (diststat.xvg) （可选）
个人距离统计
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅当 t MOD dt == 第一次 (ps) 时才使用帧
tu （PS）
时间值单位：fs、ps、ns、us、ms、s
-xvg （xmgrace）
绘图格式：无、xmgrace、xmgr
-[无]rmpbc （是）
为每一帧制作完整的分子
-[不] PB （是）
使用周期性边界条件进行距离计算
-sf
提供文件中的选择
-selrpos （原子）
选择参考位置：atom、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、
Whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、
part_res_cog，part_mol_com，part_mol_cog，dyn_res_com，dyn_res_cog，dyn_mol_com，
动力摩尔齿轮
-自输入 （原子）
默认选择输出位置：atom、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、
Whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、
part_res_cog，part_mol_com，part_mol_cog，dyn_res_com，dyn_res_cog，dyn_mol_com，
动力摩尔齿轮
-选择
用于计算距离的位置对
-长度 (0.1)
直方图的平均距离
-托尔 (1)
完全分布的宽度作为 -长度
-binw (0.001)
直方图的 bin 宽度
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-distance
