这是 gmx-helix 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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gmx-helix - 计算 alpha 螺旋的基本属性
概要
gmx 螺旋 [-s [<.tpr>][-n [<.ndx>][-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>][-b [-e ]
[-dt [-[现在[-r0 [-[无]q[-[否]F]
[-[无]数据库[-[没有]ev[-ahxstart [-ahxend ]
商品描述
GMX 螺旋 计算各种螺旋属性。 首先,检查肽以发现
最长的螺旋部分,由氢键和 phi/psi 角决定。 那一点是
安装到一个理想的螺旋周围 z-axis 并以原点为中心。 那么
计算以下属性:
· 螺旋半径(文件 半径.xvg)。 这只是二维的 RMS 偏差
对于所有 Calpha 原子。 它计算为 sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) 其中 N 是
骨架原子的数量。 对于理想螺旋,半径为 0.23 nm。
·扭曲(文件 扭曲.xvg)。 计算每个残基的平均螺旋角。 为
α-螺旋是 100 度,对于 3-10 个螺旋,它将更小,对于 5 个螺旋
它会更大。
· 每残留上升(文件 上升.xvg)。 每个残基的螺旋上升绘制为
差异 z-Calpha 原子之间的坐标。 对于理想的螺旋,这是 0.15 nm。
· 总螺旋长度(文件 len-ahx.xvg)。 螺旋的总长度,以 nm 为单位。 这是
只是平均上升(见上文)乘以螺旋残基数(见下文)。
· 螺旋偶极子,仅骨干(文件 浸-ahx.xvg).
· RMS 与理想螺旋的偏差,仅针对 Calpha 原子计算(文件
rms-ahx.xvg).
· 平均 Calpha - Calpha 二面角(文件 phi-ahx.xvg).
· 平均 phi 和 psi 角度(文件 菲普西.xvg).
· 根据 Hirst 和 Brooks 在 222 nm 处的椭圆率。
配置
指定输入文件的选项:
-s [<.tpr>] (白杨.tpr)
便携式 xdr 运行输入文件
-n [<.ndx>] (索引.ndx)
索引文件
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道: 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
指定输出文件的选项:
-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
结构文件: 伟大 g96 资料库 中断特别是
其他选项:
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
-[现在 (否)
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-r0 (1)
序列中的第一个残基数
-[无]q (否)
在每一步检查序列的哪一部分是螺旋的
-[否]F (是)
切换到完美的螺旋线
-[无]数据库 (否)
打印调试信息
-[没有]ev (否)
为 ED 编写一个新的“轨迹”文件
-ahxstart (0)
螺旋中的第一个残基
-ahxend (0)
螺旋中的最后一个残基
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-helix