这是 gmx-morph 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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gmx-morph - 在构象之间线性插值
概要
gmx 变形 [-f1 [<.gro/.g96/...>][-f2 [<.gro/.g96/...>][-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>][-要么 [<.xvg>][-[现在]
[-xvg [-nterm [-第一 ]
[-最后的 [-[不]适合]
商品描述
GMX 变形 对构象进行线性插值以创建中间体。
当然，这些完全是非物质性的，但您可以尝试为自己辩解。
输出采用通用轨迹的形式。 中间体的数量可以是
控制与 -nterm 旗帜。 第一个和最后一个标志对应的方式
插值：0对应输入结构1，1对应输入结构
2. 如果您指定 -第一 <0或 -最后的 > 1 外推将在输入的路径上
结构 x_1 到 x_2。 一般情况下，中间x(i)的坐标，共N个
中间体对应于：
x(i) = x_1 + (第一个+(i/(N-1))*(最后-第一个))*(x_2-x_1)
最后，如果明确地计算两个输入结构的 RMSD
选择 (-要么 选项）。 在这种情况下，可以读取索引文件以从中选择组
计算 RMS。
配置
指定输入文件的选项：
-f1 [<.gro/.g96/...>] （conf1.gro）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间
-f2 [<.gro/.g96/...>] （conf2.gro）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间
-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件
指定输出文件的选项：
-o [<.xtc/.trr/...>] (inter.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-要么 [<.xvg>] （均方根-interterm.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件
其他选项：
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
-nterm (11)
中间体数量
-第一 (0)
对应于第一个生成的结构（0 是输入 x_1，见上文）
-最后的 (1)
对应于最后生成的结构（1 是输入 x_2，见上文）
-[不]适合 （是）
在插值之前对第二个结构进行最小二乘拟合
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-morph
