这是 gmx-nmtraj 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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gmx-nmtraj - 从特征向量生成虚拟振荡轨迹
概要
gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>][-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>][-外国人 ]
[-阶段 [温度 [-振幅 ]
[-nframes ]
商品描述
GMX 轨迹 从特征向量生成虚拟轨迹，对应于
平均结构周围的谐波笛卡尔振荡。 特征向量应该
通常是质量加权的，但您可以使用非加权特征向量来生成
正交运动。 输出帧被写成一个轨迹文件，覆盖整个
周期，第一帧是平均结构。 如果你把轨迹写在（或
转换为) PDB 格式，您可以直接在 PyMol 中查看它，也可以渲染逼真的
电影。 根据特征值和预设温度计算运动幅度，
假设所有模式的能量均分。 为了使运动清晰可见
PyMol 你可能想通过设置一个不切实际的高温来放大它。
但是，请注意，线性笛卡尔位移和质量加权都将
导致高振幅的严重结构变形 - 这只是一个限制
笛卡尔常模模型。 默认情况下，选定的特征向量设置为 7，因为
前六个正常模式是平移和旋转自由度。
配置
指定输入文件的选项：
-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续
-v [<.trr/.cpt/...>] （特征向量.trr）
全精度轨迹： TRR CPT TNG
指定输出文件的选项：
-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR 伟大 g96 资料库 TNG
其他选项：
-外国人 (7)
要使用的特征向量字符串（第一个是 1）
-阶段 (0.0)
阶段串（默认为 0.0）
温度 (300)
温度（K）
-振幅 (0.25)
特征值<=0的模式的振幅
-nframes (30)
要生成的帧数
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-nmtraj
