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macs2 - macs2 - 基于模型的 ChIP 测序分析

商品描述

用法：macs2 [-h] [--version]

{callpeak，bdgpeakcall，bdgbroadcall，bdgcmp，bdgopt，cmbreps，bdgdiff，filterdup，预测，pileup，randsample，refinepeak}
...

mac2 -- 基于模型的 ChIP 测序分析

阵地 参数：
{callpeak，bdgpeakcall，bdgbroadcall，bdgcmp，bdgopt，cmbreps，bdgdiff，filterdup，预测，pileup，randsample，refinepeak}

呼叫峰值
MACS2 主要功能：从对齐结果中调用峰值。

bdgpeak呼叫
从 BedGraph 输出调用峰值。 注：同一染色体上的所有区域
BedGraph 文件应该是连续的，所以只有来自 MACS2 的 BedGraph 文件是
可以接受的。

bdg广播
从 BedGraph 输出中调用宽峰。 注：同一染色体上的所有区域
BedGraph 文件应该是连续的，所以只有来自 MACS2 的 BedGraph 文件是
可以接受的。

bdgcmp 通过比较 BedGraph 中的两个信号轨迹来扣除噪声。 注：所有地区
BedGraph文件中的相同染色体应该是连续的，所以只有bedGraph文件
从 MACS2 是可以接受的。

bdgopt 对 bedGraph 文件的 score 列的操作。 注：所有地区都在同一个
BedGraph 文件中的染色体应该是连续的，因此只有来自
MACS2 是可以接受的。

泡菜
结合来自重复的分数的 BEDGraphs。 注：所有地区都在同一个
BedGraph 文件中的染色体应该是连续的，因此只有来自
MACS2 是可以接受的。

差异
基于成对的四个床图文件的差分峰值检测。 注：所有地区
在 BedGraph 文件中的同一条染色体上应该是连续的，所以只有 bedGraph
来自 MACS2 的文件是可以接受的。

过滤重复
删除相同位置的重复读数，然后将可接受的格式转换为 BED
格式。

预测
根据比对结果预测 d 或片段大小。 *不会过滤重复项*

使用给定的扩展大小（片段大小或 MACS 中的 d
语）。 请注意，不会有重复读取过滤或测序的步骤
深度缩放，因此您可能需要进行某些预处理/后处理。

随机抽样
随机采样数/总读数的百分比。

精炼峰
（实验性）获取原始读数对齐，细化峰顶并给出分数
测量waston/crick标签的平衡。 灵感来自 SPP。

可选 参数：
-h, - 帮帮我
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- 版
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对于每个命令的命令行选项，键入：macs2 COMMAND -h

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