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ntthal - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 ntthal

这是 ntthal 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

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ntthal - 提供 Primer3 的基于最近邻的对齐功能
热力学方法

商品描述


恩塔尔 类似于 恩德帕尔. 在两个序列之间, 恩塔尔 找到对齐/秒
结构,具有最高的熔化温度。 Ntthal 基于最近邻
热力学方法。

概要


恩塔尔 配置 寡聚体

配置


-MV monovalent_conc - 以 mM 为单位的单价阳离子浓度,默认为 50 mM

-dv divalent_conc - 以 mM 为单位的二价阳离子浓度,默认为 0 mM

-n dNTP_conc - 以 mM 为单位的脱氧核苷酸三磷酸浓度,默认为 0
mM

-d dna_conc - 以 nM 为单位的 DNA 链浓度,默认为 50 nM

-a mode - 对齐类型,END1、END2、ANY 和 HAIRPIN,默认为 ANY(当
双工)

-t temp - 计算双工的温度,默认为 37C

-r - 导致对齐不显示在标准错误上,_only_ Tm 是
印刷的

-最大循环 size - 二级结构环的最大尺寸。

默认值为 30(这是当前允许的最大长度)。

-路径 - 热力学参数文件的路径

-S1 DNA_寡聚体

-S2 DNA_寡聚体

作者


本手册页由 Andreas Tille 创建[email protected]> 在 Debian 中使用 help2man
但可以自由地用于任何其他目的

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