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obprobe - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 obprobe

这是 obprobe 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


观察者 — 创建静电探针网格

概要


观察者 [配置] 类型 个人电脑 文件名

商品描述


obprobe 工具在一个分子周围创建一个网格,放置一个具有指定的探针原子
每个点的原子类型和部分电荷以计算 MMFF94 能量。 这个可以用
用于对接实验以测试氢键亲和力、静电势等。
使用高斯立方体格式将输出发送到标准输出。

配置


如果没有给出文件名,obprobe 将给出包括示例探针在内的所有选项。

-s 一步的大小
设置网格的分辨率(步长)

-p 填充
设置填充——由分子形成的盒子每一边的额外距离。

类型 MMFF94 原子型

个人电脑 MMFF94 部分充电

示例


使用羰基氧探测文件pyridines.sdf - 一个氢键受体
部分电荷-0.57:
obprobe 7 -0.57 吡啶.sdf

使用苯基碳原子探测文件pyridines.sdf - 一个没有
部分收费:
obprobe 37 0.0 吡啶.sdf

使用 onworks.net 服务在线使用 obprobe


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Linux 命令

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