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pdb2pqr - 生成用于静电计算的 PQR 文件

概要

pdb2pqr [--nodebump[--noopt[- 链[--只分配[- 干净的[--ffout=姓名]
[--with-ph=ph[--apbs-输入[--配体=径] [[--详细] | [-v]] --ff=力场
径 输出路径

pdb2pqr { - 帮帮我 | -h}

商品描述

pdb2pqr 自动化许多为连续体准备结构的常见任务
静电计算，提供了在 PDB 中转换蛋白质文件的实用程序
格式（径) 到 PQR 格式 (输出路径）。 这些任务包括：

· 在生物分子结构中添加有限数量的缺失重原子

· 确定侧链 pKas

· 放置缺失的氢

· 优化蛋白质以获得有利的氢键

·从各种力场分配电荷和半径参数

配置

pdb2pqr 接受以下选项：

--ff=力场
- 力场 使用。 当前值为 琥珀, 魅力, 解析 和 ty06.

- 帮帮我, -h
打印帮助信息并退出。

--nodebump
请勿进行脱模操作。

--noopt
不执行氢优化。

- 链
将链 ID 保留在输出 PQR 文件中。

--只分配
仅分配电荷以添加原子、消除或优化。

- 干净的
不做优化、原子加法、参数赋值，只返回原样
对齐格式的 PDB 文件。

--ffout=姓名
不使用残基和原子名称的标准规范命名方案，使用
来自给定力场的名称。

--with-ph=ph
使用 VHDL 语言编写 普罗卡 计算 pKas 并将它们应用于给定 pH 值的分子。 实际的
PropKa 结果将输出到 输出路径.propka。

--apbs-输入
根据生成的 PQR 文件创建 APBS 输入文件。 还要创建一个 Python 泡菜
用于在其他程序中使用这些参数。

--配体=径
在给定的 MOL2 格式中计算配体的参数 径. pdb2pka 必须
被编译。

--详细, -v
将附加信息打印到屏幕上。

EXTENSIONS

扩展向 PDB2PQR 添加功能，并通过将参数传递给 pdb2pqr.
他们将结果放入位于 输出路径.

以下扩展可以由 pdb2pqr:

--phi
打印每个残基的主干 phi 角到 输出路径.phi。

--psi
打印每个残基的主干 psi 角度 输出路径.phi。

--hbond
打印一个氢键列表到 输出路径.hbond。

--chi
打印每个残基的主干 chi 角到 输出路径.chi。

- 接触
将联系人列表打印到 输出路径.con。

--hbondwhatif
打印氢键列表到 输出路径.hbo。

- 盐
打印盐桥列表到 输出路径。盐。

--拉玛
打印每个残留物的 phi 和 psi 角度以 外径拉玛。

引用 PDB2PQR

请确认您使用 pdb2pqr 通过引用：

多林斯基 TJ、尼尔森 JE、麦卡蒙 JA、贝克 NA。 PDB2PQR：一个自动化管道
Poisson-Boltzmann 静电计算的设置、执行和分析。 核
酸研究，32，W665-W667 (2004)。

使用 onworks.net 服务在线使用 pdb2pqr