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棒 - 用于球棒模型的 Raster3D 预处理器

概要

棒 [-h] [-b] [-半径 R] [-B色 最小 BMAX]

棒 读取描述原子颜色的文件和/或 PDB 坐标文件并生成一个文件
包含 Raster3D 描述符记录。 生成的文件 棒 可以直接喂给
给予 或者它可以与其他 Raster3D 实用程序生成的描述符文件结合使用。

示例

要描述按残基类型着色的简单的仅键模型：

cat mycolours.pdb protein.pdb | 棒| 渲染> mypicture.png

要渲染与球棒相同的分子：

cat mycolours.pdb protein.pdb | 棒-b | 渲染> mypicture.png

配置

-h

抑制输出中的标题记录。 默认情况下 棒 将产生一个输出文件
从包含一组默认缩放和处理选项的标题记录开始。
- -h 标志将抑制这些头记录，以便输出文件只包含
对象描述符。 此选项对于生成仅描述部分内容的文件很有用
一个场景，稍后将与其他生成的描述符文件组合
程式。

-b

默认情况下 棒 将仅描述债券； -b 标志将导致它包括球体
原子位置也一样，产生了一个球棒表示。

-半径 R

默认情况下 棒 将债券绘制为半径为 0.2A 的圆柱体。 半径选项允许
你改变这个圆柱半径。

-B色 最小 BMAX

根据 B 值而不是原子或残基类型分配颜色。 B <= 的原子
Bmin 为深蓝色； B >= Bmax 的原子将呈浅红色； 原子与
Bmin < B < Bmax 将通过从蓝色到蓝色的光谱平滑地分配颜色阴影
红色。

商品描述

输入到 棒 由包含颜色信息和原子的单个文本文件组成
PDB 数据库格式的坐标。 坐标输出为 Raster3D 描述符
根据描述的 COLO 记录分配颜色和球体半径的记录
以下。 球棒图的原子以 0.2 * 范德瓦尔斯半径绘制，由
具有默认 0.2A 圆柱半径的杆。 为距离更近的原子绘制键
彼此相差 0.6 *（范德华半径之和）。 默认情况下，输出文件包含
一组头记录 给予 程序。 标题被构造为
包含与文件中包含的变换矩阵对应的 TMAT 矩阵
设置.matrix （如果存在），或文件中包含的欧拉角 安装角度 （如果
它存在）。

使用匹配过程将颜色分配给原子，使用前置的 COLOR 记录
输入 PDB 文件。 如果输入文件中不存在 COLOR 记录，则原子将
接收默认的 CPK 颜色（C=灰色，O=红色，N=蓝色，S=黄色，P=绿色，其他=洋红色）。
Raster3D 使用伪 PDB 记录类型，其基本布局与上述相同，但具有
前 4 列中的 COLO：

列

1 - 4 科洛

7 - 30 面具（如下所述）

31 - 38 红色分量

39 - 46 绿色成分

47 - 54 蓝色成分

55 - 60 范德华半径，以埃为单位

61 - 80 条评论

请注意，红色、绿色和蓝色分量与 X、Y 和 Z 的位置相同
ATOM 或 HETA 记录的组成部分，范德瓦尔斯半径代替
占用。 红色、绿色和蓝色分量都必须在 0 到 1 的范围内。

Mask 字段在匹配过程中的使用如下。 首先程序读入并
按输入顺序存储所有 ATOM、HETA 和 COLO 记录。 然后它通过每个
依次存储ATOM/HETA记录，并搜索匹配ATOM/HETA的COLO记录
在第 7 到 30 列的所有记录中。要找到的第一个这样的 COLO 记录确定
原子的颜色和半径。

为了一个 COLO 记录可以提供多个颜色和半径规格
一个原子（例如，基于残基或原子类型，或任何其他标签可以
在第 7 到 30 列的某处给出），“#”符号用作通配符。 即一个
# 在 COLO 记录中匹配 ATOM 或 HETA 中相应列中的任何字符
记录。 所有其他字符必须按字面匹配才能算作匹配。 请注意，
输入中的最后一个 COLO 记录应该在第 7 到第 30 列的所有列中包含 # 个符号
为了为其 ATOM/HETA 记录与之前的任何记录不匹配的任何原子提供颜色
科洛唱片。 这种为颜色规格匹配蒙版的想法是由于 Colin
带来的。

环境

文件 setup.matrix 和 setup.angles（如果存在）会影响生成的头记录
by 棒.

源

卷筒纸 网址：
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

联系方式：
伊森·梅里特
华盛顿大学西雅图分校 WA 98195
[电子邮件保护]

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