这是 ssematche 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
ssematch - 在 DCF 文件中搜索二级结构匹配。
概要
匹配 -ssin 文件 入档 -dcfin文件 入档 [-数据文件 矩阵f] -最大点击次数 整数
[-rgopen 浮动[-rgapextend 浮动[-eopen 浮动[-扩展 浮动]
-outss 文件 输出文件 -输出文件 输出文件 -日志文件 输出文件
匹配 -救命
商品描述
匹配 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“Utils:Database creation”命令组的一部分。
配置
输入 部分
-ssin 文件 入档
此选项指定二级结构文件的名称（输入）。
-dcfin文件 入档
此选项指定 DCF 文件（域分类文件）（输入）的名称。 一种
“域分类文件”包含来自域的分类和其他数据
SCOP 或 CATH，采用 DCF 格式（类似于 EMBL）。 这些文件是使用 SCOPPARSE 生成的
和 CATHPARSE。 可以通过使用将域序列信息添加到文件中
域。
-数据文件 矩阵f
此选项指定二级结构替代矩阵。 默认值：
SSSUB
其他要求 部分
-最大点击次数 整数
此选项指定要报告的得分最高的匹配项的数量。 默认值：5
额外 部分
-rgopen 浮动
此选项指定基于驻留对齐的间隙插入惩罚。 差距
插入惩罚是在产生间隙时被带走的分数。 最佳价值
取决于比较矩阵的选择。 默认值假定您正在使用
蛋白质序列的 EBLOSUM62 矩阵和核苷酸的 EDNAFULL 矩阵
序列。 默认值：10
-rgapextend 浮动
此选项指定基于残基比对的间隙扩展惩罚。 差距
扩展，惩罚被添加到每个碱基或残基的标准缺口惩罚中
差距。 这就是差距的惩罚时间。 通常你会期待一些很长的间隙
而不是许多短间隙，因此间隙扩展惩罚应低于间隙
惩罚。 默认值：0.5
-eopen 浮动
此选项指定基于元素的对齐的间隙插入惩罚。 差距
插入惩罚是在产生间隙时被带走的分数。 最佳价值
取决于比较矩阵的选择。 默认值假定您正在使用
蛋白质序列的 EBLOSUM62 矩阵和核苷酸的 EDNAFULL 矩阵
序列。 默认值：10
-扩展 浮动
此选项指定基于二级结构元素的间隙扩展惩罚
结盟。 差距扩展，惩罚被添加到每个标准差距惩罚
间隙中的碱基或残留物。 这就是差距的惩罚时间。 通常你会
期望一些长间隙而不是许多短间隙，因此间隙扩展惩罚
应该低于差距惩罚。 默认值：0.5
输出 部分
-outss 文件 输出文件
此选项指定包含得分最高的域的文件的名称
基于残基的比对（输出）。“域分类文件”包含
来自 SCOP 或 CATH 的域的分类和其他数据，采用 DCF 格式
（类似于 EMBL）。
-输出文件 输出文件
此选项指定包含得分最高的域的文件的名称
基于二级结构元素的对齐（输出）。 一个“域分类文件”
包含来自 SCOP 或 CATH 的域的分类和其他数据，采用 DCF 格式
（类似于 EMBL）。
-日志文件 输出文件
此选项指定 ssematch 日志文件（输出）的名称。 默认值：
ssematch.log
使用 onworks.net 服务在线使用 ssematche
