这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 sumatra，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
sumatra - 快速准确的序列比较和聚类
概要
苏门答腊 [选项] [数据集2]
商品描述
Sumatra 计算一个的所有成对 LCS（最长公共子序列）分数
核苷酸数据集或两个核苷酸数据集之间。
配置
-h [H]elp - 打印帮助
-l 参考序列长度最短。
-L 参考序列长度最大。
-a 参考序列长度是比对长度（默认）。
-n 分数由参考序列长度（默认）归一化。
-r 原始分数，未标准化。
-d 分数以距离表示（默认：分数以相似度表示）。
-t ##.##
分数阈值。 如果分数被归一化并以相似度表示（默认），
它是一个恒等式，例如 0.95 表示 95% 的恒等式。 如果分数被归一化并且
以距离表示，它是（1.0 - 同一性），例如 0.05 表示 95% 的同一性。
如果分数没有归一化并用相似度表示，则为
最长公共子序列。 如果分数没有标准化并表示为
距离，它是（参考长度 - LCS 长度）。
仅打印具有高于 ##.## 相似度的序列对。 默认值：0.00（无
临界点）。
-p ## 用于计算的线程数（默认值 = 1）。
-g n 被 a 替换（默认：带有 n 的序列被丢弃）。
-x 添加四个额外的列，其中包含两个序列的计数和长度。
数据集1
（第一个参数）要分析的核苷酸数据集
数据集2
（第二个参数）可选的第二个核苷酸数据集
成果
结果表说明
第 1 列：标识符序列 1
第 2 列：标识符序列 2
第 3 列：分数
第 4 列：序列 1 的计数（仅带有选项 -x)
第 5 列：序列 2 的计数（仅带有选项 -x)
第 6 列：序列 1 的长度（仅带有选项 -x)
第 7 列：序列 2 的长度（仅带有选项 -x)
使用 onworks.net 服务在线使用 sumatra
