这是一款名为 COGsoft 的 Linux 应用程序，可在 Linux 在线运行，其最新版本可以下载为 COGsoft.04.19.2012.tgz。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
下载并在线运行这个名为 COGsoft 的应用程序，可免费使用 OnWorks 在 Linux 中在线运行。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
COGsoft 在 Linux 上在线运行
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商品描述
用于制作直系同源群簇的软件（具有新的 EdgeSearch 算法）。 最新参考文献：Kristensen DM、Kannan L、Coleman MK、Wolf YI、Sorokin A、Koonin EV、Mushegian A. 生物信息学 2010。特性
- 不同方法的优缺点描述：Kristensen DM、Wolf YI、Mushegian AR、Koonin EV。 基因直系推理的计算方法。 简要生物信息。 2011 年 12 月；5(379):91-2011。 电子版 19 年 XNUMX 月 XNUMX 日。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21690100
- 算法参考：Kristensen DM、Kannan L、Coleman MK、Wolf YI、Sorokin A、Koonin EV、Mushegian A。一种用于从基因组间对称最佳匹配中组装直系同源组簇的低多项式算法。 生物信息学。 2010 年 15 月 26 日；12(1481)：7-2010。 电子版 2 年 XNUMX 月 XNUMX 日。 http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/btq229?ijkey=zD7TIWnncGvDGYE&keytype=ref
- 对直向同源物/COG 的良好/彻底审查：Koonin EV。 直系同源物、旁系同源物和进化基因组学。 Annu Rev Genet。 2005；39:309-38。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16285863
- 原始 COG 论文：Tatusov RL、Koonin EV、Lipman DJ。 蛋白质家族的基因组观点。 科学。 1997 年 24 月 278 日；5338(631)：7-XNUMX。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9381173
- COG 数据库：Tatusov RL、Galperin MY、Natale DA、Koonin EV。 COG 数据库：用于蛋白质功能和进化的基因组规模分析的工具。 核酸研究。 2000 年 1 月 28 日；1(33):6-XNUMX。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10592175
- Koonin实验室网页网址： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/groups/koonin/
- 官方FTP站点：ftp.ncbi.nih.gov/pub/wolf/COGs/COGsoft/（虽然目前readme只是指向sourceforge页面）
目的
学术/科研
用户界面
命令行
程式语言
C + +中
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/cogtriangles/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
