dcm2mnc - 云端在线

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dcm2mnc - 将一组 DICOM 文件转换为一个或多个 MINC 格式文件。

概要

dcm2mnc [ ]

dcm2mnc -救命

商品描述

这个 dcm2mnc 命令用于将 DICOM 格式文件转换为 MINC 格式。

DICOM（医学数字成像和通信）格式被许多供应商使用
医学成像设备作为数据交换的标准手段。 DICOM
规范极其复杂，包括数据交换协议和
通信以及数据格式的细节。 大多数情况下，几十甚至
必须组合数百个 DICOM 文件才能生成单个 MINC 文件。

在正常运行中， 输入列表 将由一个或多个文件的名称组成或
目录。 该程序扫描所有指定的输入文件和目录并尝试
确定应合并为单个 MINC 文件的文件组。 一旦这些
确定了 DICOM 文件的组（或“系列”），程序会分析每个文件的数据
系列并尝试确定正确的几何形状和辅助信息
合并到 MINC 文件中。

如果一切顺利，将在一个或多个子目录中创建一个或多个 MINC 文件
在指定目录下创建 输出目录. 这些目录和文件将是
根据患者姓名、采集日期、采集时间自动命名
时间、系列标识符和模态。

出于多种原因，医学影像制造商选择实施一些
DICOM 格式的专有扩展。 这个程序试图非常通用，
但它会在有用或必要的情况下对特定的专有字段进行一些额外的检查。
但是，随着设备设置的更改和软件的更新，
给定设备的 DICOM 输出可能会发生变化。 来自同一制造商的不同设备
可能会产生明显不同的 DICOM 输出。

配置

请注意，可以以缩写形式指定选项（只要它们是唯一的）和
可以在命令行的任何地方给出。

输出 文件 选项

-破坏者
覆盖现有文件。 默认情况下， dcm2mnc 不会覆盖现有的
文件中。

-匿名 不要将患者姓名存储在 MINC 文件中。 字符串“匿名”将是
改为使用。 请注意，所有其他识别信息仍将存储在
文件。

-诺斯普利特乔
不要将回声分成单独的文件。 如果多个回波存在于一个
系列，它们都将存储在一个名为的维度的 MINC 文件中
“回声”。

-分裂动力
将动态扫描拆分为单独的文件。 通常动态扫描存储在一个
具有“时间”维度的单个 MINC 文件。 如果指定了此选项，则每次
切片将保存在单独的文件中。

-f名称
设置输出文件名的格式。 有关详细信息，请参阅 FILENAMES 部分
选项。

-dname
设置输出子目录名称的格式。 有关详细信息，请参阅文件名部分
在这个选项上。 将此设置为空字符串以避免创建子目录。

Siemens 镶嵌 具体的 选项

这两个选项控制转换 Siemens 镶嵌数据的方式。 西门子
扫描仪通常将 fMRI 数据表示为组合成单个子图像的“马赛克”
大图像。 通常这些是我们所谓的“升序”顺序，但如果您的功能
图像未正确转换，您可能需要指定这些选项之一。 注意
镶嵌顺序通常与切片获取顺序不同。

-降序
马赛克图像按降序存储。

-交错
马赛克图像以交替（奇数/偶数）顺序存储。

其他 选项

-标准输入 这个选项告诉 dcm2mnc 从标准输入中读取输入文件列表
除了在命令行上指定的任何文件。

- 命令
此选项会将给定的命令字符串应用于每个输出文件后
创建。 例如，可用于对每个输出文件运行 gzip 或压缩。

-最小最大

使用存储在 DICOM 中的最大和最小像素值的值
文件。 这对于 GE PET 数据尤其有用，但可能需要获得
与其他厂家定量准确换算。 如果没有这个选项
指定的。 .B dcm2mnc 使用由
每个体素存储的位数（字段#0028,0101）。 当这个选项是
指定，0028,0106 和 0028,0107 将用于设置有效范围
像素。

-list 依次列出文件，但不执行转换。 有时对
验证数据集的有效性，以及调试问题 dcm2mnc.

-冗长
详细操作。 打印大量关于
程序的操作。 此信息可能只能由某人来解释
熟悉该程序和 DICOM 标准。

-调试 极其冗长的操作。 打印大量关于
程序的运行。 这些信息可能只能由
熟悉这个程序和 DICOM 标准的人。

-使用坐标
此选项要求转换依赖于切片坐标而不是
切片厚度和间距的标准 DICOM 字段。 如果对于
切片厚度和间距的标准 DICOM 字段的某些原因是
不正确

-选择
这是一个仅用于调试目的的私有选项。 请避免使用
它。

通用 选项 HPMC胶囊 所有 命令

-救命 打印命令行选项的摘要并中止

-版
打印程序和库版本并中止

文件名

在将大量输入 DICOM 文件转换为较小的输入文件时避免命名冲突
一组 MINC 输出文件， dcm2mnc 自动生成输出文件的名称
根据DICOM文件信息的各种参数。 正常行为是
将所有输出文件放在给定输出目录的子目录中，该目录具有
其名称源自患者的姓名以及研究日期和时间，如下所示：

患者姓名_yyyymmdd_hhmmss/

单个文件根据患者姓名、研究日期和时间、系列命名
标识符和模态信息如下：

患者姓名_yyyymmdd_hhmmss_series_scan_modality.mnc

可选的扫描信息包括回波编号 ('e '), 切片编号 ('sl '),
时间序列位置 ('d '), 相数 ('p ') 或化学位移 ('cs '）。

可选的模态信息由字符串“_pet”或“_mri”组成。 不
为无法识别的模式添加后缀。

这个 -f名称 和 -dname 命令允许用户覆盖标准文件命名
通过指定替代输出目录和文件格式的行为。 的论据
这些选项是模板字符串，将被扩展以包括来自
指定位置的 DICOM 序列。 替换由 '%' 字符指定
后跟一个字母字符，如下所示：

%N - 患者姓名
%D - 扫描日期
%T - 扫描时间
%S - 研究 ID（通常为“yyyymmdd.hhmmss”）
%A - 收购或系列 ID
%s - 可选的切片标签
%e - 可选的回声数
%t - 可选的动态扫描数
%p - 可选的阶段号
%c - 可选的化学位移数
%m - 可选模式

因此，默认文件名约定由格式字符串给出：

%N_%D_%T_%A%s%e%t%p%c%m

并且默认目录名称由格式字符串给出：

%N_%D_%T

如果你想避免创建子目录，你可以通过给出一个零长度的字符串来实现
作为对 -dname 选项​​：

dcm2mnc -dname ´´ 文件名...

作者

Peter Neelin 和 Richard D. Hoge

请将所有投诉和查询直接发送给 Robert Vincent (bert@bic.mni.mcgill.ca)

使用 onworks.net 服务在线使用 dcm2mnc