diffseqe - 云端在线

这是命令 diffseqe,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

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diffseq - 比较和报告两个相似序列的特征

概要


差异序列 -序列 序列 -序列 序列 -字大小 整数
[-全球差异 布尔] -输出文件 报告 -一败涂地 壮举 - 比赛 壮举

差异序列 -救命

商品描述


差异序列 是来自 EMBOSS(“欧洲分子生物学公开赛”)的命令行程序
软件套件”)。 它是“对齐:差异”命令组的一部分。

配置


输入 部分
-序列 序列

-序列 序列

其他要求 部分
-字大小 整数
两个序列之间的相似区域是通过创建一个哈希表来找到的
'wordsize'd 子序列。 10 是合理的默认值。 使这个值更大(20?)
可能会稍微加快程序的速度,但意味着其中的任何两个差异
彼此的“wordsize”将被分组为单个差异区域。 这个值
可能会变小 (4?) 以提高附近差异的分辨率,但是
程序会慢很多。 默认值:10

额外 部分
-全球差异 布尔
通常这个程序会找到长度为
指定字长或更大,然后将报告之间的差异区域
这些匹配的区域。 这很有效,并且是大多数人想要的
处理长重叠核酸序列。 你通常不感兴趣
在这些序列的非重叠末端。 如果您有蛋白质序列或短
然而,RNA 序列,您会对末端的差异感兴趣。 它
此选项设置为 true 则两端的差异也将被报告。
默认值:N

输出 部分
-输出文件 报告

-一败涂地 壮举
第一个序列特征输出文件默认值:$(asequence.name).diffgff

- 比赛 壮举
第二个序列特征输出文件默认值:$(bsequence.name).diffgff

使用 onworks.net 服务在线使用 diffseqe



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