这是 gmx-mindist 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
gmx-mindist - 计算两组之间的最小距离
概要
gmx 思想家 [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-od [<.xvg>][一 [<.xvg>][-o [<.out>]]
[-牛 [<.xtc/.trr/...>][-要么 [<.xvg>][-b ]
[-e [-dt [tu [-[现在]
[-xvg [-[无]矩阵[-[无]最大[-d ]
[-[无]组[-[没有]pi[-[不]拆分[-ng ]
[-[不] PB[- [没有] 休息时间[-[否]printresname]
商品描述
GMX 思想家 计算一组与许多其他组之间的距离。 这俩
最小距离（来自各自基团的任何一对原子之间）和数量
给定距离内的联系人被写入两个单独的输出文件。 随着
-组 选择另一组中的原子与第一组中的多个原子的接触
计为一个联系人而不是多个联系人。 和 -要么, 到的最小距离
确定第一组中的每个残基并将其绘制为残基的函数
数。
使用选项 -pi 绘制组与其周期图像的最小距离。 这是
用于检查蛋白质是否在模拟过程中看到了它的周期性图像。 只有一个
考虑每个方向的偏移，总共给出 26 个偏移。 它还绘制了
组内的最大距离和三个框向量的长度。
还 GMX 距离 和 GMX 成对的 计算距离。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr） （可选）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续
-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件
指定输出文件的选项：
-od [<.xvg>] (mindist.xvg)
xvgr/xmgr 文件
一 [<.xvg>] (numcont.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件
-o [<.out>] (atm-pair.out) （可选）
通用输出文件
-牛 [<.xtc/.trr/...>] (mindist.xtc) （可选）
弹道： 狂喜 TRR 伟大 g96 资料库 TNG
-要么 [<.xvg>] (mindisres.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
tu （PS）
时间值单位：fs、ps、ns、us、ms、s
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
-[无]矩阵 （否）
计算组间距离的半矩阵
-[无]最大 （否）
计算 最多 距离而不是最小值
-d (0.6)
接触距离
-[无]组 （否）
将与第一组中多个原子的接触计为一个
-[没有]pi （否）
计算周期性图像的最小距离
-[不]拆分 （否）
时间为零的分割图
-ng (1)
计算到中心组距离的次要组数
-[不] PB （是）
考虑周期性边界条件
- [没有] 休息时间 （否）
写per-residue distance时，写每个时间点的距离
-[否]printresname （否）
写残留物名称
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-mindist
