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indexdb_rna - 用于过滤、映射和 OTU-picking NGS 读取的工具 (indexdb)

概要

索引db_rna --参考 db.fasta,db.idx [选项]

商品描述

SortMeRNA 是一种生物序列分析工具，用于过滤、映射和 OTU-picking
NGS 读取。 核心算法基于近似种子，并允许快速和
核苷酸序列的灵敏分析。 SortMeRNA 的主要应用是过滤
来自宏转录组数据的 rRNA。 其他应用包括 OTU 拣选和
分类分配可通过 QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1)。

SortMeRNA 将读取文件（fasta 或 fastq 格式）和一个或多个 rRNA 作为输入
数据库文件，并将 rRNA 和拒绝的读数分类到由指定的两个文件中
用户。 或者，它可以提供高质量的 rRNA 读数局部比对。
rRNA 数据库。 SortMeRNA 适用于 Illumina、454、Ion Torrent 和 PacBio 数据，并且可以
产生 SAM 和 BLAST 样比对。

配置

强制性 配置
--参考 字符串，字符串
FASTA 参考文件、索引文件
示例：
--参考 /path/to/file1.fasta,/path/to/index1
如果传递多个参考序列文件，用':'分隔它们
示例：
--参考 /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2

可选 配置
- 快速地 BOOL
对齐约 99% 相关物种的建议选项（默认值：关闭）

- 敏感的 BOOL
对齐约 75-98% 相关物种的建议选项（默认值：打开）

--tmpdir STRING
写入临时文件的目录

-m INT 用于构建索引的内存量（以 MB 为单位）（默认值：3072）

-L INT 种子长度（默认：18）

--最大位置 INT
为每个唯一 L-mer 存储的最大位置数（默认值：10000，设置
--最大位置 0 将存储所有位置）

-v BOOL
详细

-h BOOL
帮助

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