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infoaligne - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 infoaligne

这是命令 infoaligne,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

名称


infoalign - 显示关于多序列比对的基本信息

概要


信息对齐 -序列 序列集 [-矩阵 矩阵[-refseq 绳子] -复数 浮动
-身份 浮动 -输出文件 输出文件 [-html 布尔] -只要 布尔 -标题 布尔
-美国 布尔 -芋头 布尔 -seqlength 布尔 -对齐长度 布尔 -差距 布尔
-差距 布尔 -idcount 布尔 -simcount 布尔 -差异计数 布尔
-更改 布尔 -重量 布尔 -描述 布尔

信息对齐 -救命

商品描述


信息对齐 是来自 EMBOSS(“欧洲分子生物学公开赛”)的命令行程序
软件套件”)。 它是“对齐:多个,数据检索:序列数据”的一部分
命令组。

配置


输入 部分
-序列 序列集
要显示的序列比对。

-矩阵 矩阵
这是比较序列时使用的评分矩阵文件。 默认情况下它是
文件“EBLOSUM62”(用于蛋白质)或文件“EDNAFULL”(用于核酸序列)。 这些
文件位于 EMBOSS 安装的“data”目录中。

-refseq 绳子
如果您在比对中给出编号或序列名称,它将被视为
成为参考序列。 参考序列是所有的
其他序列进行比较。 如果将其设置为 0,则共有序列将是
用作参考序列。 默认情况下,共有序列用作
参考序列。

高级 部分
-复数 浮动
为正得分匹配的百分比设置截止值,低于该值没有达成共识。
默认的复数取所有序列总权重的 50%
结盟。 默认值:50.0

-身份 浮动
提供在一个位置设置所需数量的身份的便利
它给出一个共识。 因此,如果将其设置为 100%,则仅标识列
为共识做出贡献。 默认值:0.0

输出 部分
-输出文件 输出文件
如果您在此处输入文件名,则该程序将写入序列详细信息
进入那个文件。

-html 布尔
默认值:N

-只要 布尔
如果您只想要一些东西,这是一种缩短命令行的方法
显示。 而不是指定:'-nohead -nousa -noname -noalign -nogaps -nogapcount
-nosimcount -noidcount -nodiffcount -noweight' 仅获取序列长度输出,
您可以指定 '-only -seqlength' 默认值:N

-标题 布尔
默认值:@(!$(only))

-美国 布尔
默认值:@(!$(only))

-芋头 布尔
默认值:@(!$(only))

-seqlength 布尔
默认值:@(!$(only))

-对齐长度 布尔
默认值:@(!$(only))

-差距 布尔
默认值:@(!$(only))

-差距 布尔
默认值:@(!$(only))

-idcount 布尔
默认值:@(!$(only))

-simcount 布尔
默认值:@(!$(only))

-差异计数 布尔
默认值:@(!$(only))

-更改 布尔
默认值:@(!$(only))

-重量 布尔
默认值:@(!$(only))

-描述 布尔
默认值:@(!$(only))

使用 onworks.net 服务在线使用 infoaligne


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