这是 ipig 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
您的姓名
ipig - 将 PSM 集成到基因组浏览器可视化中
概要
猪 <psm 档案> |-g|-c|-cg [ ]
商品描述
iPiG 的目标是从质谱中整合肽谱匹配 (PSM)
(MS) 肽识别到基因组浏览器提供的基因组可视化中,例如
作为 UCSC 基因组浏览器(http://genome.ucsc.edu/).
iPiG 从 MS 标准格式 mzIdentML (*.mzid) 或文本格式中获取 PSM
提供基因组轨迹格式(BED 和 GFF3 文件)的结果,可以很容易地
导入到基因组浏览器中。
配置
<psm 档案>
表示肽谱匹配的文件 (mzid/txt)
-g, -gui
启动 iPiG 的图形用户界面
-c, -控制
启动基因控制,必要的文件必须在配置中注明
文件
-cg, -controlgui
启动基因控制的图形用户界面
-d, -下载器
开始下载gui
可以指定不同的配置文件(否则 ipig.conf 被加载
默认)
其他要求:
使用非 gui 模式,配置文件(默认为 ipig.conf)必须包含多个
附加参数,例如指示参考基因组等。
在 gui 模式下 (-g 和 -cg),附加参数可以用两种方式表示,在
界面或配置文件。
查看 readme.txt 和 ipig.conf 中的示例和更多详细信息
附加参数
使用 onworks.net 服务在线使用 ipig