kalign - 云端在线

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kalign - 执行生物序列的多重比对。

概要


卡连 [输入文件.fasta[输出文件.fasta] [选项]

卡连 [-一世 输入文件.fasta] [-O 输出文件.fasta] [选项]

卡连 [< 输入文件.fasta] [> 输出文件.fasta] [选项]

商品描述


卡林 是一个命令行工具,用于执行生物序列的多重比对。 它
采用Muth?Manber字符串匹配算法,提高准确率和速度
的对齐方式。 它使用全局的、渐进的对齐方法,通过采用
近似字符串匹配算法来计算序列距离并通过合并
本地匹配到否则全局对齐。

配置


-s -gpo -间隙打开 -gap_open x
差距开罚。

-e -gpe -gap_ext -张开度 x
间隙扩展惩罚。

-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
终端间隙处罚。

-m -奖金 -matrix_bonus x
添加到替换矩阵的常数。

-c -种类 <输入, 树, 差距。>
序列在输出比对中出现的顺序。

-g -特征
选择特征模式并指定要使用的特征:例如 all、maxplp、
结构,PFAM-A?

-same_feature_score
对齐相同特征的分数。

-diff_feature_score
对齐不同特征的惩罚。

-d -距离 <吴, 对>
距离法

-b -树 -引导树 <新泽西州, 更新>
引导树法。

-z -z截止
用于基于 wu-manber 的距离计算的参数。

-i -在 -输入
输入文件的名称。

-o 退房手续 -输出
输出文件的名称。

-a -gap_inc
根据现有差距的数量增加差距惩罚。

-f -格式 <法斯塔, 无国界医生, 阿尔恩, 克鲁, macsim>
输出格式。

-q -安静的
不向 STDERR 打印任何内容。 从 STDIN 不读取任何内容。

参考文献:


· Timo Lassmann 和 Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - 一个准确且快速的倍数
序列比对算法。 BMC 生物信息学 6:298

· Timo Lassmann、Oliver Frings 和 Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
蛋白质和核苷酸序列的高性能多重比对允许
外部特征。 核酸研究 3:858?865。

作者


麝香草 拉斯曼 <timolasmann@gmail.com>
Kalign 的上游作者。

查尔斯 普莱西 <plesy@debian.org>
编写了联机帮助页。

版权


版权所有 © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann

Kalign 是免费软件。 您可以根据以下条款重新分发和/或修改它
由自由软件基金会发布的 GNU 通用公共许可证。

本手册页由 Charles Plessy 编写plesy@debian.org> 用于 Debian(TM)
系统(但可能被其他人使用)。 允许复制、分发和/或
根据与 kalign 本身相同的条款修改本文档。

在 Debian 系统上,GNU 通用公共许可证第 2 版的完整文本可以是
在发现 /usr/share/common-licenses/GPL-2.

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