这是命令 mafft-homologs，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
mafft-homologs - 将序列与自动收集的同源物对齐
SwissProt 通过 NCBI BLAST
概要
mafft-同系物 [选项] 输入 [> 产量]
商品描述
一些远相关序列的比对准确性得到了显着提高
当与它们的密切同源物对齐时。 改进的原因是
可能与 PSI-BLAST 相同。 也就是说，高度保守的位置
残留物，那些有许多差距和其他附加信息的人被关闭
同系物。 根据 Katoh 等人的说法。 (2005)，通过添加接近的同源物的改进是
10%左右，与结合结构信息的改进相当
一对序列。 mafft 服务器中的 Mafft-homologs 是这样工作的：
1. 收集输入的多个（默认50个）相近的同源物（默认E=1e-10）
序列。
2. 使用 L-INS-i 策略将所有输入序列和同源物对齐。
3. 删除同系物。
配置
-a n
收集的序列数（默认值：50）。
-e n
阈值（默认值：1e-10）。
-o XXX
mafft 的选项（默认值：" --op 1.53 --ep 0.123 --maxiterate 1000 --localpair
--重新排序”）。
-l
在本地执行 BLAST 搜索而不是 NCBI BLAST（需要本地安装
BLAST 和数据库）。
-f
输出也收集同系物（默认值：关闭）。
-w
整个序列都经过 BLAST 搜索（默认：仅对齐良好的区域）
参赛要件
MAFFT 版本 > 5.58。
两者之一
lynx（当使用远程 BLAST 服务器时）
BLAST 和蛋白质序列数据库（当使用本地 BLAST 时）
参考文献：
Katoh、Kuma、Toh 和 Miyata（Nucleic Acids Res. 33:511-518, 2005）MAFFT 第 5 版：
提高多序列比对的准确性。
使用 onworks.net 服务在线使用 mafft-homologs
