这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一（例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器）在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令needalle
程序：
您的姓名
Needall - 两个序列集的多对多成对比对
概要
针头 -序列 序列集 -序列 后继 [-数据文件 矩阵f] -间隙打开 浮动
-间隙扩展 浮动 [-端重量 布尔[-内开 浮动[- 结束扩展 浮动]
[-最小分数 浮动] -简短的 布尔 -输出文件 对齐 [-错误文件 输出文件]
针头 -救命
商品描述
针头 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“Alignment:Global”命令组的一部分。
配置
输入 部分
-序列 序列集
-序列 后继
-数据文件 矩阵f
这是比较序列时使用的评分矩阵文件。 默认情况下它是
文件“EBLOSUM62”（用于蛋白质）或文件“EDNAFULL”（用于核酸序列）。 这些
文件位于 EMBOSS 安装的“data”目录中。
其他要求 部分
-间隙打开 浮动
空缺罚分是当空缺产生时被带走的分数。 最佳价值
取决于比较矩阵的选择。 默认值假定您正在使用
蛋白质序列的 EBLOSUM62 矩阵和核苷酸的 EDNAFULL 矩阵
序列。 默认值：@($(acdprotein)? 10.0 : 10.0 )
-间隙扩展 浮动
间隙扩展，惩罚被添加到每个碱基的标准间隙惩罚或
间隙中的残留物。 这就是差距的惩罚时间。 通常你会期待一些
长间隙而不是许多短间隙，因此间隙扩展惩罚应该更低
比差距惩罚。 一个例外是一个或两个序列是单读
可能存在测序错误，在这种情况下，您会期望有许多单个碱基缺口。
您可以通过将间隙开放惩罚设置为零（或非常低）和
使用间隙扩展惩罚来控制间隙得分。 默认值：
@($(acd蛋白)?0.5:0.5)
额外 部分
-端重量 布尔
默认值：N
-内开 浮动
端隙开放罚分是当产生端隙时被带走的分数。 最好的
值取决于比较矩阵的选择。 默认值假设您是
对蛋白质序列使用 EBLOSUM62 矩阵，对蛋白质序列使用 EDNAFULL 矩阵
核苷酸序列。 默认值：@($(acdprotein)? 10.0 : 10.0 )
- 结束扩展 浮动
末端间隙扩展，惩罚被添加到每个碱基的末端间隙惩罚或
渣到底间隙。 默认值：@($(acdprotein)? 0.5 : 0.5 )
-最小分数 浮动
报告比对的最小比对分数。
输出 部分
-简短的 布尔
简要身份和相似性 默认值：Y
-输出文件 对齐
-错误文件 输出文件
要写入的错误文件 默认值：needall.error
使用 onworks.net 服务在线使用needalle
