这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 poa，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
poa - 对齐一组序列或比对。
概要
POA [选项] [矩阵文件]
其中一个 -read_fasta, -read_msa 或 -read_msa_list 必须使用参数，因为
需要序列或比对文件。
商品描述
POA 是部分顺序比对，一个用于多序列比对 (MSA) 的快速程序
生物信息学。 它的优点是速度、可扩展性、灵敏度和优越的
处理对齐中的分支/插入缺失的能力。 偏序对齐是一个
MSA 的方法，可以与现有方法相结合，例如渐进式
结盟。 POA 最佳地对齐一对 MSA，因此可以直接应用
到渐进对齐方法，例如 CLUSTAL。 对于大型对齐，渐进式 POA 是
比 CLUSTALW 快 10 到 30 倍。
示例
POA -read_fasta 多域序列 -集群 阿尔恩 blosum80.垫
在 Debian 系统上， POA 可以使用以下命令进行测试：
POA -read_fasta /usr/share/doc/poa/examples/multidom.seq -集群 /开发/标准输出 -v
/usr/share/poa/blosum80.mat
配置
INPUT
-read_fasta 文件
读入 FASTA 序列文件。
-read_msa 文件
读入 MSA 对齐文件。
-read_msa2 文件
读入第二个 MSA 文件。
-子集 文件
过滤 MSA 以在文件中包含 seq 列表。
-子集2 文件
过滤第二个 MSA 以在文件中包含 seq 列表。
-消除 文件
过滤 MSA 以在文件中包含 seq 列表。
-删除2 文件
过滤第二个 MSA 以在文件中包含 seq 列表。
-read_msa_list 文件
从文件中列出的每个文件名中读取 MSA。
-降低
强制 FASTA/MSA 序列为小写（我们矩阵文件中的核苷酸）。
-托珀尔
强制 FASTA/MSA 序列为大写（我们矩阵文件中的氨基酸）。
对准
-do_global
做全局对齐。
-do_progressive
使用由邻居加入集合构建的引导树执行渐进对齐
序列-序列相似度得分。
-read_pairscores 文件
读取以制表符分隔的相似性分数文件（如果未提供，则构建分数
使用成对序列比对。）
-fuse_all
在对齐环上融合相同的字母。
分析
-HB
执行最重的捆绑以产生共识。
-hbmin VALUE
包含在具有百分比 ID（作为分数）>= 的最重捆绑序列中 VALUE.
OUTPUT
-pir 文件
以 PIR 格式写出 MSA。
-集群 文件
以 CLUSTAL 格式写出 MSA。
-po 文件
以 PO 格式写出 MSA。
-保留_seqorder
按输入顺序写出带有序列的 MSA。
-打印矩阵 快报
将分数矩阵打印到标准输出。
-最好
将 MSA 输出限制为最重的包（仅限 PIR）。
-v
以详细模式运行（例如输出间隙惩罚）。
参考
请引用 Grasso C, Lee C. (2004) 结合偏序对齐和渐进
多序列比对将比对速度和可扩展性提高到非常大
对齐问题。 生物信息学。 2004 年 10 月 XNUMX 日；20(10):1546-56。 电子版 2004 年 12 月 XNUMX 日。
使用 onworks.net 服务在线使用 poa