sak - 云端在线

这是可以在 OnWorks 免费托管服务提供商中使用我们的多个免费在线工作站之一运行的命令 sak,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


sak - 切片和切块 FASTA/FASTQ 文件..

概要

sak [OPTIONS] [\Bo OUT.{fa,fq}] IN.{fa,fq}

商品描述

“它可以切片、切丁,还能洗衣服!”

由 Manuel Holtgrewe 重写原始 SAK 工具。

-h, - 帮帮我

显示此帮助消息。

- 版

显示版本信息

输出选项:

-o, --输出路径 快客

结果文件的路径。 如果省略,结果将打印到标准输出。 使用文件
以 .fq 或 . 写出FASTQ。 有效的文件类型是:.fq、.fastq、.fa、
.fasta、.faa、.ffn、.fna 和 .frn。

-rc, --revcomp

反补输出。

-l, - 最长长度 LEN

要写出的最大序列字符数。

过滤器选项:

-s, - 序列

选择给定的序列以通过基于 0 的索引进行提取。

-sn, --序列名称 您的姓名

选择名称前缀为 NAME 的序列。

-SS, --序列 RANGE

选择序列 from-to where from 和 to 是基于 0 的索引。

-i, --中缀 RANGE

选择字符 from-to where from 和 to 是基于 0 的索引。

-二, --行长 LEN

在输出文件中设置行长。 有关详细信息,请参阅线长部分。 在范围内
[-1..inf]。

线长

您可以使用设置 --行长 用于设置结果行长度。 经过
默认情况下,FASTA 文件中的序列每行最多写入 70 个字符
FASTQ 文件中的序列写入时没有任何换行符。 质量
FASTQ 文件中的序列以与残基序列相同的方式写入。

默认选择带有 --行长 价值 -1 和换行符可以是
禁用,值为 0。

用法示例

-s 10 英制.fa

从 IN.fa 中切出第 11 个序列并作为 FASTA 写入标准输出。

-SS 10-12 -SS 100-200 英寸.fq

切出第 11 至第 12 和第 101 至第 199 序列(含)
从 IN.fq 并作为 FASTA 写入标准输出。

VERSION

sak 版本:0.2 最后更新 2012 年 XNUMX 月

使用 onworks.net 服务在线使用 sak



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