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scopparse - 从原始 SCOP 文件生成 DCF 文件。

概要

稀疏的 -类文件 入档 -desin文件 入档 -鼻段 布尔 -无多链 布尔
[-名义上的 布尔] -dcf 文件 输出文件

稀疏的 -救命

商品描述

稀疏的 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“Utils:Database creation”命令组的一部分。

配置

输入 部分
-类文件 入档
此选项指定原始 SCOP 分类文件的名称 dir.cla.scop.txt_X.XX
（输入）。 这是原始 SCOP 分类文件，可在
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.cla.scop.txt_1.57.

-desin文件 入档
此选项指定原始 SCOP 描述文件的名称 dir.des.scop.txt_X.XX
（输入）。 这是原始 SCOP 描述文件，可在
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.des.scop.txt_1.57.

其他要求 部分
-鼻段 布尔
此选项指定是否省略包含多个段的域。
如果需要连续的残留序列，这是必要的。 默认值：N

-无多链 布尔
此选项指定是否省略包含多个片段的域
链。 如果需要连续的残留序列，这是必要的。 默认值：
N

额外 部分
-名义上的 布尔
此选项指定是否从次要类（定义为任何
不属于“所有 α 蛋白质”、“所有β 蛋白质”、“α 和β 蛋白质”
(a/b)' 或 'Alpha 和 Beta 蛋白 (a+b)')。 这对许多人来说是必要的或合适的
分析。 默认值：N

输出 部分
-dcf 文件 输出文件
此选项指定 SCOP DCF 文件（域分类文件）（输出）的名称。
“域分类文件”包含来自域的分类和其他数据
SCOP 或 CATH 数据库。 该文件是使用DOMAINER生成的，在DCF中
格式（类似于 EMBL）。 可以通过使用将域序列信息添加到文件中
域。 默认值：test.scop

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