这是 SIBsim4 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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SIBsim4 - 将 RNA 序列与 DNA 序列对齐，允许内含子
概要
SIB模拟4 [ 选项 ] 的DNA 核糖核酸数据库
商品描述
SIB模拟4 是一种基于相似性的工具，用于比对一组表达序列 (EST,
mRNA) 与基因组 DNA 序列。
发射 SIB模拟4 没有任何参数将打印选项列表，以及它们的
默认值。
SIB模拟4 采用基于blast的技术首先确定基本匹配块
代表“外显子核心”。 在第一阶段，它检测所有可能的完全匹配
两个序列之间的 W-mers（即大小为 W 的 DNA 词）并将它们扩展到
最大得分无间隙段。 在第二阶段，外显子核心扩展到
使用贪婪比对算法和启发式算法对相邻的尚未匹配的片段
用于支持符合剪接位点识别信号的配置
（例如，GT-AG）。 如有必要，可使用不太严格的参数重复该过程
不匹配的片段。
默认情况下， SIB模拟4 搜索两条链并报告最佳匹配，由
在比对中发现的匹配核苷酸的数量。 这 R 命令行选项可以是
用于将搜索限制为仅一个方向（链）。
目前，支持四种主要的对齐显示选项，由控制 A 选项。
默认情况下，只有内含子的端点、整体相似性和方向是
报道。 箭头符号（“->”或“<-”）表示内含子的方向。 标志
`==' 标记从该位置开始的 cDNA 片段的比对缺失。
在下面的描述中，术语 MSP 表示最大得分对，即一对
两个序列中高度相似的片段，是在类似爆炸的过程中获得的
扩展 W-mer 匹配和可能的一些不匹配。
配置
-一种
输出格式
0：仅外显子端点
1：对齐文本
3：外显子端点和对齐文本
4：外显子端点和带有polyA信息的对齐文本
请注意，2 未实现。
默认值为 0。
-C
第二次通过的 MSP 分数阈值。
默认值为 12。
-C
最低分截止值。 分数低于此值的对齐不是
报告。
默认值为 50。
-E
截止值。
默认值为 3。
-F
分数过滤器百分比。 当检测到同一 RNA 元件的多个命中时，
只有那些得分在该 RNA 最高得分的百分比范围内的人
元素被报告。 将此值设置为 0 将禁用过滤，所有命中都将
被报告，前提是他们的分数高于通过指定的截止值 c
选项。
默认值为 75。
-G
当基因组和 RNA 上的间隙的长度最多不同时加入外显子
百分比。
默认值为 10。
-H
当最佳分数低于此百分比时报告嵌合转录本
整体 RNA 覆盖率和嵌合体分数大于这个百分比
RNA 长度（0 禁用此报告）
默认值为 75。
-一世
搜索内含子剪接的窗口宽度。
默认值为 6。
-K
第一次通过的 MSP 分数阈值。
默认值为 16。
-L
一个逗号分隔的正向拼接类型列表。
默认值为“GTAG、GCAG、GTAC、ATAC”。
-M
评分剪接位点，评估 M 个核苷酸内的匹配。
默认值为 10。
-o
打印结果时，将 dna 序列中的 nt 位置偏移此数量。
默认值为 0。
-q
核苷酸错配的惩罚。
默认值为 -5。
-R
搜索方向
0：仅搜索“+”（直接）链
1：仅搜索“-”链
2：搜索两条链
默认值为 2。
-r
核苷酸匹配的奖励。
默认值为 1。
-S
拼接站点 indels 搜索广度。 在确定接头的最佳位置时
站点 SIB模拟4 将评估最多添加此数量的插入和删除
在剪接点每一侧的 DNA 链上。
默认值为 2。
-s
按百分比划分分数。 在连接 MSP 时，如果两个连续的外显子组
看起来它们可能是同一基因的两个不同副本的一部分，它们会
进行测试，看看每个单独组的分数是否相对于最好的整体
分数大于此值。 如果两组的相对分数高于此
阈值他们将被拆分。
默认值为 75。
-W
字大小。
默认值为 12。
-X
终止字扩展的值。
默认值为 12。
使用 onworks.net 服务在线使用 SIBsim4
